404年3月5日，滞留在建康的楚国宰相王谧，果真是个识时务的俊杰，发现桓玄已经靠不住了，立刻转投刘裕的怀抱，率先提出推举刘裕为京畿卫戍总司令。

　　刘裕心里暗爽，但当然要表示拒绝了，这样才能显示谦逊的品质，不但坚决拒绝，还反过来任命王谧为高级咨询官、宰相、京畿卫戍总司令，主管朝廷机要。

　　王谧也谦让了一番，但谦逊的美名一定要留给刘裕，所以坦然接受了任命，然后推举刘裕使持节、扬徐兖豫青冀幽并八州军区司令长官、徐州督导官，然后按照刘裕的意思，擢升刘毅为青州督导官，何无忌为琅邪郡长，孟昶为建康市长，刘道规为义昌郡长。

　　战争暂告平息，新政府组建完毕，接下来就到刘穆之大显身手的时候了。

　　刘裕刚进京时，除了军事，其他大事小事全都交给刘穆之处理，刘穆之艺高人胆大，本着来者不拒的心态，仓卒之间进行裁决批示，全都处理得井然有序，轻重缓急分析得极为透彻，刘裕对此十分满意，也觉分外惊喜，毕竟他自己是个文盲，许多事情都没有能力完成，从此把刘穆之当作最亲密的必腹，一切行动都先征求他的意见，刘穆之也竭尽忠心，没有任何隐藏，两人渐渐形成了石勒张宾、苻坚王猛一类的组合，为南朝的开启奠定了基础。

　　东晋末年的政治法律已经非常松弛，纪律破坏严重，根本没有人遵守，豪门强族横行无忌，人民穷苦屈辱，哭诉无路，再加上司马元显把政令当作儿戏，更加一团混乱，到了桓玄改朝换代，虽然开始也想进行整顿，但他没有过硬的才能，也没有得力的助手，一番折腾之后，各种规章多如牛毛，官民无所适从，局面更显混乱。

　　刘穆之主政之后，针对这一环境现状，有针对性地一一矫正，不贪图立刻生效，而是采用层层剥茧的办法，逐步扭转国家的颓势，刘裕又习惯以身作则，先用严刑竣法管束内外，再落实到各行各业，各门各部，文武官员全都谨慎小心地在职工作，不满十天，建康风俗大改，民间全都欢庆鼓舞。

　　公事基本确定，刘裕的私事也渐渐抛了出来。

　　实际上在刘裕进京之后，一系的动作就已经表露了自己的私心，王谧固然是望风使舵的好手，但能在兵变之后还受重用，很大程度上是因为昔日的一番经历。

　　刘裕刚出道时，名望既小，官位又低，性格还轻浮狡狯，品行不端，社会上层人士都不肯与他来往，只有王谧对他另眼相看，认为他不同寻常，日后定有大出息，还不时帮助他脱离困境。

　　刘裕曾与刁逵一起赌博，赌输了没钱还债，刁逵就把刘裕绑到拴马桩上，要挟刘裕的家人定期送钱来，不然就要刘裕好看。

　　王谧听说之后，立刻出面责备刁逵不应这么过份，还替刘裕把债都还清了。

　　如此种种，以刘裕的性格固然是忘不了王谧的恩惠的。

　　刁逵更让他印象深刻。

　　恩可以不报，仇必须了断。

　　勤王军起事之初，诸葛长民前往豫州耽误了日期，因而不能及时发动，事情也由此泄露，时任豫州督导官的刁逵，下令逮捕了诸葛长民，装进囚车，押解送往建康。

　　半道上，桓玄出逃的消息在国内传得沸沸扬扬，押解囚车的卫士于是放了诸葛长民，重新回历阳，刁逵则被迫放弃城池逃亡，后被部下生擒，送到建康。

　　刘裕看着一身狼狈的刁逵，心里说不出来的清爽，把刁逵一家男女老幼全都绑到石城斩首，为了证明自己不是心狠手辣的人，特别宽恕了宫廷顾问官刁聘，但不久便以谋反的名义将其处死。

　　刁逵的旧部提前把刁逵的侄子刁雍，藏了起来，秘密送到后秦所辖的洛阳，终于逃掉一劫，姚兴任命刁雍为太子助理官，等到后秦亡国之后，又投奔北魏，一生颇多功绩，最后也得以善终，算是弥补刁家的遗憾了。

　　恩怨分明固然是不错的，但总归有个度，刘裕显然是越界了，刁逵是名门之门，世代忠良，虽然逼债的手段略显不堪，但赌场大抵如此，没什么好说的，罪不至屠灭满门。

　　刘裕一生的污点不多，但这件事显然就是个不小的污点，而且他之后生的儿子们，也都继承了他这个心狠手辣的基因，终于酿成了多个人间惨剧。

　　这是后话，刘裕如何能想到他死后的事情，甚至生前的问题都难以清楚预知。

　　但有一点是刘裕十分确定的，那就是尽快消灭桓玄。

　　勤王军西征兵团将领刘毅、何无忌、刘道规，以及下邳郡长孟怀玉，率军自寻阳西上，带着崇高的使命向桓玄发起追击。

　　5月17日，双方军队在峥嵘洲遭遇，此时的形势是勤王军兵力不满一万人，而桓玄的兵力起码是对方的三倍，勤王军心存畏惧，打算退回寻阳再做打算，刘道规给将士们打气说：“他们人多，咱们人少，强弱形势完全不同，如果胆小不敢攻击，一定会被追杀，就是回到寻阳，又怎么能自保，桓玄虽然名满天下，被认为是当世的英雄豪杰，实际上他内心卑怯，胆小如鼠，再加上他刚从京都败逃，官兵斗志并不坚定，肉搏上阵，短兵相接，将领勇猛的一方才能获胜，不在人数多少。”

　　大家于是强打精神，率军挺进，向敌人发起猛攻。

　　桓玄经常坐一艘快艇，泊在旗舰旁边，时刻做好战败逃跑的打算，主帅尚且如此，军心离散严重，确实如刘道规所说，基本都没什么斗志。

　　刘毅借机煸风点火，顺着风势几乎把桓玄的辎重粮秣焚毁殆尽，勤王军西征兵团全都投入战场，争先恐后对桓玄的战舰进行拼杀，楚军迅速崩溃，趁夜逃走，前将军郭铨则直接束手投降。

　　桓玄带着安帝乘坐事先备好的快艇向西逃走，永安皇后何法倪和司马德宗的正室王神爱，还有其他的司马家族的成员，则全留在巴陵。

　　桓玄的姐夫殷仲文，也在桓玄的船上随行，发现大势已去，请求乘另外的船只去招收残兵败将，但离船之后立刻背叛大楚，护送两位皇后娘娘投奔夏口去了，一面向刘裕呈送书信，一面向建康转移。

　　夫妻大难临头都不免会各自飞，殷仲文的选择虽然不怎么道德，也不值得效仿，却也能够理解，为了活命嘛，毕竟命比天大。

　　5月23日，桓玄带着司马德宗回到江陵老家，部将冯该建议他率军东下，再做一次决战，桓玄坚决不肯接受，胆子似乎已被吓破了，说什么也不想再与勤王军交锋，打算投奔镇守汉中的梁州督导官桓希，可是众叛亲离之下，人心沮丧，号令无人执行。

　　第二天深夜，桓玄也不管部众了，准备妥当之后，率领亲信一百多人，趁着城中大乱，乘马向城外狂奔。

　　但这些亲信跟着桓玄没头没脑的乱跑，越发心里没底，刚出城门，就有人向桓玄发起攻击，举刀向桓玄的头猛砍，因为光线太弱，没能砍中，同样是因为光线太弱，究竟哪个人或是哪此人对桓玄下手，一时也不好分辨，于是这一百多号人开始互相攻击，没多大会已是尸体成堆。

　　桓玄更加恐惧，顾不上随身携带的宝物，带着不到十个人狼狈逃走，这时陆路阻隔严重，桓玄只能到码头上船，心惊肉跳地走水路西上。

　　因为和益州政府关系破裂，桓玄原本是打算投奔汉中，可是逆江而上，只能抵达巴蜀，所谓仇人见面分外眼红，此行已注定了悲惨的结局。

　　宁州督导官毛璠是益州督导官毛璩的弟弟，前不久刚刚在任上去世，毛璩派侄孙毛祜之，与军事参议官费恬，率卫士数百人，护送毛璠的灵柩返回原籍江陵安葬。

　　5月26日，护送灵柩的船只，走到枚回洲，与桓玄相遇，此时国内局势动荡，航道几乎都没人敢用了，毛祜之和费恬心生疑虑，虽不知对面船上的人就是桓玄，可也料定不是朋友，为了避免麻烦，立刻下令攻击。

　　一瞬间箭如雨下，桓玄的亲信此时倒是忠心，拼死用身体护住桓玄，但桓玄还是中了好几箭，6岁的小桓升则躲在桓玄背后就帮父亲擦血拔箭，场面十分凄惨。

　　巴蜀士兵眼看小船都成刺猬了，益州大营指挥官冯迁，赶紧提起俩刀，跳上桓玄的坐舰寻找活口。

　　桓玄已经深身是血，慌乱中拔下头上的玉导，交给冯迁，悲愤交加地说道：“看见了吗，我是皇上，你算什么东西，想造反吗？”

　　冯迁顿时笑破了肚皮，兴奋地回头跟同伴说：“你们都听见了吗，皇上！哈哈，想不到这桓老贼自己前来送死！”言罢手起刀落，砍了桓玄的脑袋。

　　36岁的桓玄就这样结束了荒诞的一生，儿子虽然年纪幼小，却也没能幸免于难，连同江陵的同党桓石康、桓濬、庾颐之，一同被绑到街市上斩首示众。