元末韩山童、刘福通，明代赵全、徐鸿儒，俱是此教中人。是以白莲教三字，在朝廷眼中，几乎便是反叛的同意词。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入短暂的全盛时期，后来朱元璋借助白莲教中明教的力量夺取政权之后，在《明律》中明确取缔“左道邪术”，白莲教从此势落。乾隆三十九年，山东教徒王伦起事反清，白莲教又一次震惊朝野。

　　白莲教产生之初曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州（今江西九江）。但因教义浅显、修行简便而得以传播。到南宋后期，虽仍被一些地方官府和以正统自居的佛教僧侣视为“事魔*”，但已到处有人传习，甚至远播到蒙古族统治下的北方。元朝统一中国后，白莲教受到朝廷承认和奖掖，进入全盛时期。庐山东林寺和淀山湖白莲堂是当时白莲教的两个中心。

　　白莲教以“普化在家清信之士”为号召，形成一大批有家室的职业教徒，称白莲道人。因为他们“在家出家”，不剃发，不穿僧衣，又被称为不剃染道人或有发僧。元代由白莲道人组成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者千百，少者数十，规模堪与佛寺道观相比。堂庵供奉阿弥陀佛、观音、大势至（合称弥陀三圣）等佛像，上为皇家祝福祈寿，下为地方主办佛事，也有一些修路筑桥之类的善举。堂庵多拥有田地资产，主持者往往父死子继，世代相传，堂庵的财产实际上是主持者世传的家产。有些头面道人勾通官府，交结豪强，成为地方一霸。

　　经过长期流传，白莲教的组织和教义在元代起了变化，戒律松懈，宗派林立。一部分教派改奉弥勒佛，宣扬“弥勒下生”这一本属弥勒净土法门的宗教谶言。有的教徒夜聚明散，集众滋事，间或武装反抗元廷统治。至大元年（1308），朝廷忌白莲教势力过大，下令禁止。经庐山东林寺白莲堂主僧普度奔走营救，白莲教才在仁宗即位（1311年）后恢复合法地位。及至至治二年（1322），其活动又被限制。此后许多地方的白莲教组织对官府抱敌对态度，外加其信徒多为下层群众，故当元末社会矛盾激化时，一些白莲教组织率先武装反元。红巾起义领导人韩山童、刘福通、徐寿辉、邹普胜等都是白莲教徒，他们以明王（即阿弥陀佛）出世和弥勒下生的谶言鼓动群众，产生很大影响。

　　明初严禁白莲教。洪武、永乐年间，川、鄂、赣、鲁等地多次发生白莲教徒武装*，有的还建号称帝，均被镇压。明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。它们各不相属，教义、仪轨颇多歧异，信奉的神极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等，最受崇奉的是弥勒佛。从正德年间开始，出现了对无生老母的崇拜，又有“真空家乡，无生老母”所谓八字真言。据称，无生老母是上天无生无灭的古佛，她要度化尘世的儿女返归天界，免遭劫难，这个天界便是真空家乡。各教派撰有自己的经卷，称为宝卷。统治者认为这些不同的教派实际上仍是白莲教，民间也笼统地称它们为白莲教。

　　在南宋，由于白莲教在总体上还未脱离正统佛教窠臼，因此还为统治者所容纳。元代，由于教内各阶层人群所处的地位不同，追求目标也就发生了明显的分歧。一派以茅子元正宗流裔自居，在宗教学说及其实践上，继承茅子元的衣钵，政治上和元统治者合作；另一派则完全背叛茅子元倡教宗旨，与下层民众运动相契合，走上了反抗元政权的道路。元顺帝至正十一年（1351），元朝政府强征民夫堵塞黄河失口，引发了全国规模的白莲教大起义。起义军以“弥勒下生，明王出世”相号召，受到不堪元朝统治的广大民众的积极响应，迅速席卷全国。至正二十八年八月，明军攻入大都（今北京）推翻了元王朝。朱元璋深知白莲教造反的意义，在自诩“大明王”登基称帝后，立即颁布取缔白莲教的禁令。但是，白莲教却并未因此而全然敛迹，经过明前期的南北融合之后，反而出现了暗地流传的盛况。明建国后，白莲教徒起事造反几乎接连不断。