凌云仙府共有三阁六台:
三阁为权力之所,其名为
天功阁主内批功,阁主为餐霞仙子韩愫衣
天道阁主外经略,阁主为玄真子秦世阳
天律阁主门规戒律,阁主为苦心头陀;
六台乃三阁之下执行之所,其名为
正礼台,主理弟子诸事,掌台为金蟾子
正清台,主察弟子规行,掌台*云
正宝台,主派灵材宝器,掌台萧不同
正经台,主管经册功诀,掌台周菡筠
正罗台,主经天下情报,掌台宇文空
正仪台,主通朝廷州府,掌台陈太清;
三阁六台之上,还有御真廷,乃是掌门之所,元妙书生隐退后,现任掌门司马长青为人谦逊,将御真廷空置以重师恩。