希腊人再次出发，沿途风平浪静，预言家告诉他们必须在莱姆诺斯岛(Lemnos)旁的克律塞岛(Chryse)上对女神克律塞斯(Chryses)作献祭才能攻城顺利，菲洛克忒忒斯知道这个祭坛的位置，领袖们在岛上跟著菲洛克忒忒斯来到祭坛，此时一条大蛇窜出并咬了菲洛克忒忒斯的脚，蛇毒令菲洛克忒忒斯脚痛得很厉害，臭味四溢，他早晚呻吟令大家都埋怨起来，最后奥德修斯建议把他抛弃到莱姆洛斯岛的海岸上，就当菲洛克忒忒斯在船上熟睡之际，领袖们把他放在岛上两个岩石之间，给他留下了弓箭衣服食物，菲洛克忒忒斯就这样被遗下了，但因为没有他是攻不下特洛伊地的，希腊人在围城第十年不得不再请他回来。
希腊人终于来到了特洛伊地的海岸，预言家警告谁第一个踏足海岸的就会先死，奥德修斯为了吸引将士上岸，自己把盾牌扔到岸上，灵活地跳上盾牌，英雄普罗忒西拉奥斯(Protesilaus)渴望建立军功，没留意到奥德修斯的诡计，就立即跳上岸杀敌，特洛伊的英雄赫克托尔以长矛一飞，他就结束了性命，大家万众一心杀敌，特洛伊人抵挡不住退回城里。第二天双方停火收拾尸体和埋葬战士，之后希腊人把船拖上岸并修筑防御工事，阿喀琉斯及大埃阿斯的帐篷设在工事的两端，以便防御偷袭．阿伽门侬及奥德修斯的帐篷则在中央，以便统率全军，修好后就派墨涅拉奥斯及奥德修斯与特洛伊人谈判，他们要求归还财宝及海伦，本来特洛伊人自知理亏已准备接受一切要求，但是帕里斯第一个不从，部份兄弟而支持他，被收买的安提玛科斯(Antimachus)甚至要求逮捕墨涅拉奥斯并处死他。当中特洛伊预言家赫勒诺斯(Helenus)更鼓舞地道神会让特洛伊胜利，最后特洛伊人拒绝和谈，战争正式开始。希腊人开始围城，攻了三次都无功而还，特洛伊人也不敢贸然出城进攻，希腊人只得侵占附近的城邦，这包括忒涅多斯岛(Tenedos)、莱斯博斯岛(Lesbos)、佩达斯城(Pedas)、吕尔奈斯城(Lyrniseus)等。当中彼奥提亚的忒拜也被占领，此城是赫克托尔妻子安德罗马克(Andromache)之父埃提翁(Eatcon)所治理，阿喀琉斯一天所杀了安德罗马克七个弟兄，并俘虏了阿波罗祭师克律塞斯的女儿克律塞伊斯(Chryseis)及布里塞斯(Briseis)，希腊人把克律塞伊斯送给了阿伽门侬。
这九年间，希腊很多英雄都战死了，包括英雄帕拉墨得斯，他对希腊人作出了无数的贡献，可是奥德修斯出于嫉妒之心，加上当时帕拉墨得斯揭穿了奥德修斯装疯的诡计，奥德修斯就趁帕拉墨得斯想议和时诬陷他，奥德修斯把黄金藏在他的帐篷，并流传他被普里阿摩斯收买了，很多人开始相信，另奥德修斯又伪造文书，阿伽门侬得到文书后，召集所有领袖到帐篷，这包括帕拉墨得斯，帕拉墨得斯百辞莫辩，被判钉上锁链被人用石头砸死，帕拉墨得斯求饶不果后就在海边被处死了，这导致后来他的父亲欧博亚国王瑙普利奥斯(Nauplius)的报复，起初阿伽门侬甚至不允许埋葬帕拉墨得斯的尸体，然而大埃阿斯不相信帕拉墨得斯背叛而安葬了他。
终于到了围城的第十年，阿波罗的祭司克律塞斯来到希腊军中恳求阿伽门侬释放其女克律塞伊斯，并愿意拿出大量的赎金，当中只有阿伽门侬不许，并骂走了克律塞斯，克律塞斯向阿波罗控诉，于是阿波罗令希腊军患上瘟疫，在第十天，在军中的大会中，阿喀琉斯要求卡尔卡斯揭示神为什么发怒，卡尔卡斯得到阿喀琉斯的保护下和盘托出，并要求阿伽门侬归还克律塞伊斯，阿伽门侬大怒，但在众目睽睽之下只得遵从，然而他却要求得到更多的奖金及军功，要把阿喀琉斯、奥德修斯及大埃阿斯的那份让出来，阿喀琉斯威胁回家去，而阿伽门侬却更说要将阿喀琉斯的女奴布里塞斯拿来，阿喀琉斯被激起欲举剑杀阿伽门侬，此时雅典娜止住了他，因为两个英雄对赫拉来说都是重要的，雅典娜又告诉阿喀琉斯阿伽门侬不久就要会为自己的狂言付出代价，于是阿喀琉斯就怒气冲冲地和朋友帕特罗克洛斯回帐篷去。而奥德修斯则将克律塞伊斯带往埃提翁城归还克律塞斯。
当奥德修斯离开之时，阿伽门侬真的派传令官塔尔提比奥斯及欧律巴忒斯(Eurybates)去拿阿喀琉斯的女奴布里塞斯，阿喀琉斯知道一切都只是阿伽门侬的主意，于是让他们带走心爱的布里塞斯，阿喀琉斯伤心欲绝，向住在大海的母亲忒提斯哭诉，忒提斯答应向宙斯投诉阿伽门侬的无礼而降罪于他，不过由于宙斯去了埃塞俄比亚人(Ethiopian)那里赴宴，因此要十二天后才回来，从这天起，阿喀琉斯就一直留在帐篷不参与任何战事。
在第十二天，宙斯回到奥林巴斯山(Mt.Olympus)，忒提斯乞求宙斯在阿伽门侬未向阿喀琉斯道歉前，先让特洛伊人胜利，尽管宙斯知道这会惹赫拉生气，但念在忒提斯在从前众神欲推翻宙斯之时，忒提斯曾叫百手巨人布里阿瑞奥斯(Briareus)帮过他，于是宙斯就如她所愿。他派睡神许普诺斯给阿伽门侬假的梦，让他以为神预兆他破城在即。阿伽门侬梦醒后立即召集所有的将士英雄，他在广场上试探大家的意欲，向大家宣布回家去，大家都欣喜若狂把船推到海边，赫拉担心阿伽门侬弄假成真，就派雅典娜严正地告诉奥德修斯阻止众人，奥德修斯立时取了阿伽门侬那象征最高权力的权杖命令众人回到广场，最后大家都鱼贯回到广场，喧闹又回复到平静，只有忒尔西忒斯(Thersites)一人继续在叫嚣，他勇敢地站出来反对国王，他尤其反对阿伽门侬及阿喀琉斯，在广场上他辱骂阿伽门侬自私没胆。奥德修斯走到他的面前警告他住口，并用权杖打了忒尔西忒斯。奥德修斯重新鼓舞希腊人，军队在向宙斯献祭后向特洛伊城进攻，然而他们却不知道宙斯拒绝了他们的献祭。
众神的使者伊里斯变成普里阿摩斯儿子波吕忒斯（Polites）的样子向特洛伊人通报希腊军的迫近，特洛伊军列队走出了城，两军对峙时帕里斯从特洛伊军走出来，示意各墨涅拉奥斯单挑，墨涅拉奥斯亢奋起来，他终于可以亲手报仇了。帕里斯看到墨涅拉奥斯亢奋的样子，怕得缩在朋友的旁边，赫克托尔就责骂他是个胆小鬼，并指责他是战争的罪魁祸首，帕里斯硬著头皮迎战，于是两军都停息静气，此时墨涅拉奥斯要求普里阿摩斯见证这场决斗，同时伊里斯女神化作普里阿摩斯女儿拉奥狄克（Laodice）的样子，叫海伦登上斯开亚门（Secia）的塔楼观战，普里阿摩斯与阿伽门侬、奥德修斯等向众神作了献祭，立誓遵守条约后就回到塔楼上，他不忍近距离看到任一方的死亡。
决斗开始时由帕里斯先向墨涅拉奥斯掷矛，他的长矛中了墨涅拉奥斯的盾牌却没有穿过它，当墨涅拉奥斯掷矛时，矛穿过了帕里斯的盾牌及铠甲，帕里斯反应快才跳到一边才得救了。墨涅拉奥斯以剑作攻击，但由于用力太猛剑断为四节，墨涅拉奥斯便徒手抓著帕里斯，把帕里斯拖往希腊军中，帕里斯透不过气来，此时阿芙罗狄忒女神割断了帕里斯的头盔带令墨涅拉奥斯手中只剩下一个头盔，并用浓雾遮住墨涅拉奥斯，伺机将帕里斯摄回城中。墨涅拉奥斯大怒，阿伽门侬宣布墨涅拉奥斯的胜利，要求特洛伊军交纳贡赋，却得不到回应。这时，赫拉要求宙斯派雅典娜去挑动特洛伊人毁约，宙斯不愿地顺从，雅典娜化身为安忒诺尔（Antenor）的儿子拉奥多科斯（Laodocus）走到潘达罗斯（Pandarus）面前，说服他用箭射死墨涅拉奥斯，潘得罗斯发箭，雅典娜却刻意让箭只射进墨涅拉奥斯的肌肤，并无大碍，希腊军的医生玛卡翁（Machaon）在伤口上撒了药粉，而特洛伊军而大举趁机进攻，指挥希腊军的是雅典娜，而指挥特洛伊军的却是战神阿瑞斯(Ares)，希腊人势如破竹，阿波罗告诉特洛伊人阿基琉斯并不在希腊军中，而雅典娜则特别加助狄奥墨得斯力量，潘达罗斯见状向狄奥墨得斯发箭，箭虽中却没伤了狄奥墨得斯性命，潘达罗斯以为狄奥墨得斯，却不料狄奥墨得斯已叫另一英雄斯忒涅洛斯（Sthenleus）叫到跟前拔箭，并求雅典娜替他报仇。雅典娜赋予他力气，让他在军中杀伤阿芙罗狄忒女神。特洛伊的英雄、阿芙罗狄忒之子埃涅阿斯(Aeneas)叫潘达罗斯一同击退狄奥墨得斯。狄奥墨得斯掷矛刺死潘达罗斯，埃涅阿斯保护潘达罗斯尸首，狄奥墨得斯向埃阿涅斯掷大石，幸得阿芙罗狄忒保护了他。狄奥墨得斯追上了女神并刺伤了她，阿芙罗狄忒退走遗下埃阿涅斯，狄奥墨得斯再向埃阿涅斯，三次都被阿波罗挡回，第四次进攻时被阿波罗喝退。
阿波罗把埃阿涅斯带到他在特洛伊的神庙里，而造了一个假替身放在战场上，阿波罗叫战神阿瑞斯制服狄奥墨得斯，于是阿瑞斯变与色雷斯（Thracia）英雄阿卡玛斯（Acamas）跑去鼓舞特洛伊人，而埃阿斯兄弟、奥德修斯及狄奥墨得斯则在指挥希腊人，然而希腊军却被杀得连连后退，战斗中，希腊军的特勒波勒摩斯（Tlepolemus）被宙斯儿子萨尔佩冬用长矛刺死，萨尔佩冬也因腰伤而被拖走了。赫拉和雅典娜见大事不妙，雅典娜便变身为英雄斯滕托尔（Stentor）鼓舞希腊人，又对狄奥墨得斯说不用怕对神作出攻击，并劝他攻击阿瑞斯。雅典娜趁阿瑞斯杀死英雄佩里法斯（Peliphas）之时，令阿瑞斯看不到她而和狄奥墨得斯两人走到他附近，对阿瑞斯作出了攻击，阿瑞斯受伤后走回宙斯处，宙斯派神医派翁（Paeon）治好了阿瑞斯，并制服了阿瑞斯重回战场。
赫克托尔回到城中，匆忙走向皇宫，在宫中，他碰到自己的母亲赫库芭，他叫母亲快去召集特洛伊的妇女们向雅典娜作献祭以制止发了狂的狄奥墨得斯，得到赫库芭答应后，他又去找帕里斯，他见帕里斯只在检查自己的武器时就谴责他一点也不紧张，美丽的海伦也同样在谴责他，帕里斯说自己正准备战斗，赫克托尔没多留片刻，就去找妻子安得罗玛克，在城门上他找到了妻子及儿子阿斯提阿那克斯(Astyanax)．安得罗玛克知道自己的丈夫将命丧战场，劝赫克托尔别上战场，赫克托尔不许又从斯开亚门(Sceia)那里出去赴战，赶上了刚上战场的帕里斯，他们的出现令特洛伊人士气大振，他们联同格劳科斯(G;aucus)杀死了希腊的许多英雄，雅典娜欲帮助希腊人，刚撞上帮助特洛伊人的太阳神阿波罗，阿波罗只答应休战，两位神决定为了止战，必须怂恿赫克托尔向希腊最著名的英雄单挑，赫克托尔的兄弟赫勒诺斯感应到神的意思，就叫赫克托尔如此地做，战场上两军都暂且停战，只有赫克托尔叫阵，希腊军无人敢应战，墨涅拉奥斯非常愤怒，宁愿自己作战，阿伽门侬止住了他，因为单挑赫克托尔是连阿基琉斯也没必胜信心的事，长者涅斯托尔教训希腊的英雄，这时，有九个人愿意作单挑，分别是阿伽门侬、狄奥墨得斯、大埃阿斯、小埃阿斯、伊多墨纽斯(Idomeneus)、墨里奥涅斯(Meriones)、欧律皮洛斯(Eurypylus)、托阿斯(Thoas)及奥德修斯、大埃阿斯被抽中出战，他非常高兴走了出来，此时赫克托尔也有点胆怯。
战斗开始时．赫克托尔先投枪，被大埃阿斯的盾牌挡住了，大埃阿斯投枪穿过了赫克托尔的盾牌及护甲，可是矛尖却偏了一边才救了赫克托尔一命，两位英雄拾枪再战，大埃阿斯又一次刺穿了赫克托尔的盾牌，并刺伤了他的脖子，之后大埃阿斯拾起大石投向赫克托尔，这次伤了赫克托尔的脚，阿波罗迅速将他抬起他，这时两位英雄就要进行埋身战了，然而千钧一发间，传令官来到制止了战事，以避免两败俱伤，两人识英雄重英雄，互相交换了腰带以作纪念，特洛伊人为赫克托尔未受大碍而高兴，而希腊军也看到大埃阿斯的强大而鼓舞，双方同意休战，入夜后双方进行了各自的会议，尽管特洛伊军向希腊军提出交还财宝及额外的珠宝，但希腊军却因帕里斯不肯交还海伦而拒绝停火。
翌晨，宙斯召集众神警告他们今天不可帮任何一面，他乘著马车来到伊达山的山顶观战，战争一直持续到中午，此时宙斯拿出天秤，特洛伊人的一边高举，而希腊军一面则倾到地面，宙斯令雷声作响，希腊军全体撤退，只有涅斯托尔一人留在战场，此时帕里斯射伤了他的马的眼睛，马立即变得不受控制，赫克托尔赶到举剑要杀涅斯托尔，刚好狄奥墨得斯赶到把涅斯托尔拉上自己的战车，便去迎战赫克托尔，他刺中了赫克托尔的驭者，马车不受控制，英雄阿尔克普托勒摩斯(Arheptolem)登上了战车代替驭者，宙斯以闪电投向马前，马吓得乱窜，涅斯托尔劝狄奥墨得斯离开战场，因为宙斯不想见到他的胜利，狄奥墨得斯听从，特洛伊军乘胜追击，赫克托尔对狄奥墨得斯拼命嘲笑，狄奥墨得斯三次想回到战场却都被雷电止住，涅斯托尔明白今天胜利将归特洛伊人，而赫拉请求波塞冬援助希腊军，波塞冬拒绝了她。战斗直逼至希腊军的围墙边，阿伽门侬请求宙斯帮助，此时宙斯起了怜悯之心，带来了吉兆，一只巨鹰将一只鹿攫起并投在宙斯的神坛上面，希腊人士气大增，当中以狄奥墨得斯最为兴奋杀敌，另外，透克罗斯(Teucer)也杀死了普里阿摩斯的儿子戈尔古提翁(Gorguthion)及阿尔克普托勒摩斯，赫克托尔大怒用巨石打伤了他的肩，幸好大埃阿斯来到掩护他才幸免于难。特洛伊人由围墙攻至希腊军的船边，尽管女神们想帮助希腊军，但宙斯却派使者伊里斯阻止她们并威胁要动怒，女神们都止住了，宙斯对赫拉说在阿伽门侬主动向阿喀琉斯修好前，特洛伊人还要得胜。入夜后，赫克托尔率军在城外扎营，务求明天一举击退希腊军。
第二天的早晨非常奇怪。希腊联军的战舰突然扬帆离开了。平时喧闹的战场变得寂静无声。特洛伊人以为希腊人撤军回国了，他们跑到城外，却发现海滩上留下一只巨大的木马。特洛伊人惊讶地围住木马，他们不知道这木马是干什么用的。有人要把它拉进城里，有人建议把它烧掉或推到海里。正在这时，有几个牧人捉住了一个希腊人，他被绑着去见特洛伊国王。这个希腊人告诉国王，这个木马是希腊人用来祭祀雅典娜女神的。希腊人估计特洛伊人会毁掉它，这样就会引起天神的愤怒。但如果特洛伊人把木马拉进城里，就会给特洛伊人带来神的赐福，所以希腊人把木马造得这样巨大，使特洛伊人无法拉进城去。特洛伊国王相信了这话，正准备把木马拉进城时，特洛伊的祭司拉奥孔跑来制止，他要求把木马烧掉，并拿长矛刺向木马。木马发出了可怕的响声，这时从海里窜出两条可怕的蛇，扑向拉奥孔和他的两个儿子。拉奥孔和他的儿子拚命和巨蛇搏斗，但很快被蛇缠死了。两条巨蛇从容地钻到雅典娜女神的雕像下，不见了。
希腊人又说，“这是因为他想毁掉献给女神的礼物，所以得到了惩罚。”特洛伊人赶紧把木马往城里拉。但木马实在太大了，它比城墙还高，特洛伊人只好把城墙拆开了一段。当天晚上，特洛伊人欢天喜地，庆祝胜利，他们跳着唱着，喝光了一桶又一桶的酒，直到深夜才回家休息，做着关于和平的美梦。
深夜，一片寂静。劝说特洛伊人把木马拉进城的希腊人其实是个间谍。他走到木马边，轻轻地敲了三下，这是约好的暗号。藏在木马中的全副武装的希腊战士一个又一个地跳了出来。他们悄悄地摸向城门，杀死了睡梦中的守军，迅速打开了城门，并在城里到处点火。隐蔽在附近的大批希腊军队如潮水般涌入特洛伊城。10年的战争终于结束了。希腊人把特洛伊城掠夺成空，烧成一片灰烬。男人大多被杀死了，妇女和儿童大多被卖为奴隶，特洛伊的财宝都装进了希腊人的战舰。海伦也被墨涅依斯带回了希腊。特洛伊战争就此结束。