唐晨当场罢免县丞职务，着师爷担任，废掉原县丞，典吏不听，说非朝廷命令，杀不听话的杀攒典，罢免正吏，命全部杂役为正吏，命张师爷为县丞，唐晨掌握上海县全县文书档案、仓库、粮马、征税等权。这里展开唐晨和师爷关于取利于民与取利于绅的矛盾。
县丞和主簿找陆家，陆家让他们隐忍，很快唐晨要被革职。
崇祯十五年十二月，夫人来上海。朝廷得到消息。
唐晨开始了疯狂种田模式，继续招募乡勇两百壮大护卫总队，开始着县丞师爷准备成立银行，着李贵做工房典吏，协助县丞师爷造钱。以及负责召回工匠，研制新的钢铁冶炼技术和燧发枪，成立纺织公司，开始一统纺织业。
两月后，崇祯十六年正月，挤垮陆家纺织市场，陆家老太爷得知大怒，说唐晨擅杀官吏士子、祸乱上海，还与民争利。加上被废县丞和主簿在一旁煽阴风点鬼火，又觉得唐晨很快就要被罢官，严斥唐晨如同谋反，无法无天，一命要命人去外面告状，一面组织士子和被革官差大闹县衙，一面以金山卫千户的官职为诱惑要求黄浦巡检司派官兵来维持秩序，对抗县衙，同时让唐晨去他那里请罪。唐晨则直接封锁了城门，直接调令护卫队官兵屠杀士子，击退黄浦巡检司的官兵，将场面镇压了下去。陆家老太爷这才知道自己一时也无法抵抗，只能在家中发脾气。
崇祯十六年三月，唐晨趁机以通倭作乱之罪，革除黄浦巡检司的官职，收黄浦巡检司，扩兵至一千人，命杨忠领黄浦巡检司，同时，陆家太老爷还要派人去告状，说唐晨要谋反，称帝自立，同时自己也要组织乡勇，唐晨杀要出城的陆家仆人。以通倭谋反之罪强制羁押陆家太老爷，而且，朝廷旨令也到了，唐晨没有被罢官，而且有便宜之权，唐晨更加肆无忌惮，说其包庇家奴，太老爷人又被羁押，陆家被满门抄斩。郑成功得唐晨之命，抄没主簿全家。李章负责抄没县丞全家。三人被押解刑台处斩，士绅们观看。
唐晨官威已立，士绅敢怒不敢言，崇祯十六年四月，唐晨命黄浦巡检司征税，只想让唐晨做高官的师爷反对，被唐晨热血影响的郑成功支持，唐晨决定在南门成立税务司，本地乡绅纷纷关门歇业罢市，外地乡绅企图顽抗，有董祖源家的和钱谦益家的以及王铎家的。而本地乡绅顾家则阴谋发动地方苦力造反。但唐晨以成立了工程司，开始招募大量苦力修城墙和建码头，解决了劳动力缺乏，让乡绅们功亏一篑，顾家人被卖了出来，崇祯十六年五月，被唐晨果断抄家。人头丢于各乡绅家，同时，小贩和中下层商户被鼓励经营，允许三月无息贷款，为官家采购木头，开海允许各地番夷来南门外滩借居十年。于是南门外的商户越来越多，有乡绅趁机作乱，被唐晨用官兵打了回去，最终崇祯十六年八月开始，大量乡绅实在是亏不起，只得复市，按规矩缴税。
崇祯十六年九月，唐晨招募西洋人购买战列舰，制造战舰，出售纺织品与钟表等，渐成规模，此时外地士绅已经上海之事报于松江府知府陈亨（福建侯官人），松江府知府已同吴淞副总兵官夏永德率兵两千来攻，甚至勒令唐晨解散护卫队和海防队，除黄浦外，十一个巡检司和乡绅也组织官兵五千余来攻打县衙。崇祯十六年十月，唐晨先灭了知府，俘虏了松江总兵官，又击退了五千余官兵。唐晨杀知府，以发生倭乱上报，言护卫队不能撤，献人头和缴贼白银五千两，钱三万，于巡抚衙门。
崇祯十六年十一月，江南巡抚郑瑄听闻准备升任唐晨为兵备副使，被钱谦益干预转升为知府，而他自己的学生黄玉鼎升任兵备副使。黄玉鼎命唐晨平倭，唐晨献上人头，还有那知府的人头和新任知县的人头，黄玉鼎被吓到，知道唐晨是个狠角色，忙听从唐晨建议推荐唐晨师爷做了县令。
崇祯十七年二月，唐晨升任松江知府，师爷周良卿成为上海知县，上海士绅听闻唐晨不但没把罢官，还直接升为知府，十分失望，只能认命。
崇祯十七年二月到五月大练兵马，杀豪绅，坐稳松江，遣人北上献银，得封兵备副使，五月得知京师陷，支持马士英拥立福王，得升应天巡抚，命驻苏州，被张慎言等东林党诬为国贼，率军来攻，唐晨还击，带兵入南京，福王被吓坏，群臣斥之，唐晨回苏州，被升为江南总督。三月，左良玉举兵而来，唐晨自请御敌，怕唐晨再入南京，被拒绝，唐晨只得找史可法，愿意援救史可法，但史可法不信任唐晨，认为唐晨要割扬州自立，拒城不让唐晨进。
适逢徐州失陷，唐晨与扬州城下大战清军，却被史可法袭击，击退史可法，唐晨怒夺扬州。于扬州大战，清军败退，俘郡王。
清军夺滁州南下，唐晨请守南京请统兵守南京，被拒，四月南京陷，五月初八日多铎入南京，福王芜湖被杀，潞王逃杭州，七月抗清军，杀李成栋，十月救杭州，但潞王已降，。十二月救绍兴，欲迎鲁王于苏州，张国维与熊汝霖拒绝，且与清军媾和，意图灭唐晨，唐晨击败清军，杀鲁王，以儆效尤。尊隆武为主，得授大学士，督师东南。
清军避开唐晨，专攻隆武，郑芝龙投降，隆武被灭，唐晨进兵福建，时浙江、南直隶、福建三地俱在唐晨之手。
绍武自立，封唐晨文渊阁大学士，永历自立封唐晨文华殿大学士。绍武被清军灭，唐晨奉永历为主，得升武英殿大学士，国公之爵，唐晨平江西。李定国平广西，南明形势一片大好。但孙可望从中作梗，李定国大败，孙可望投降，李定国退守云南。唐晨无奈退保江西，独自面对洪承畴十万大军，击退洪承畴。
吴三桂南下灭云南，唐晨被封常宁王，打湖广交通线，但依旧未来得及，永历逃入缅甸，此时唐晨早已派军舰于升龙登陆，于缅甸杀退吴三桂，接永历回南京。唐晨得封吴王。让各方议政，制定临时约法。然后北伐。征战天下，一统中原。