他们主张“知辅行主”，意为做人不能大谈空论，要有自身想法和实际行动。
二、提倡求真务实、实学实用。
尽管东林书院和我国古代其他书院一样，讲学和学术研究的主要内容也是儒家经史著述，但其不论在内容上、形式上和方法上都针对性、实用性较强，强调从实际出发，注重讲实学，办实事，有实用，求实益。
这一点在东林书院的组织管理、规章制度、讲学和学术研究的内容、方法，以及关于东林讲学活动情况和顾宪成、高攀龙等东林领袖生平言行的记载中，都有比较清楚的反映。
诸如：《东林书院会约仪式》第一条强调，会讲属业余自愿性质，所以参加会讲的通知不必要求每个人都来参加。
第三条规定，举行会讲时，主持会讲的会主由大小会公推产生，根据实际需要，由不同学者担任；第四条规定，每次会讲推举一人讲《大学》、《论语》、《中庸》、《孟子》即“四书”中的一段内容，然后大家“有问则问，有商量则商量”。
第十一条强调要尽量简化来与会的学人之间的交拜手续，不搞繁琐的礼节和形式主义。
政治主张
开放言路，反对宦官干政，反对矿税，是东林党的三项具体主张。
明朝中期以后，江南地区的商品经济和工场手工业更加发展。
在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。
东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。
他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。
如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”
李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。
可是从1596年（万历二十四年）起，神宗派宦官到各地采矿和征税。
神宗一开始派出矿监、税使，东林党人就表示反对。
山西巡抚魏允贞在1597年（万历二十五年）上疏指出：宦官出领矿、税，为民祸害。
魏允贞因此受到神宗的切责。
1599年（万历二十七年），大学士叶向高上疏要求罢撤矿监、税使。
同年，吏部侍郎冯琦上奏说：这些矿监、税使不但使贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起大乱。
李三才反对矿监、税使的言行，在当时影响最大。
他于1599年（万历二十七年）就任凤阳巡抚。
在凤阳巡抚管辖的地区内，有好几个矿监、税使，残害百姓。
李三才在1600年（万历二十八年）五月上疏万历帝，揭露万历帝派遣税使、矿监这一弊政的要害。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经严惩太监陈增的爪牙，罪大的则加以捕杀，打击了陈增的气焰。
他还奏劾陈增的重要帮凶程守训贪赃数十万银两等罪，使程及其同伙被捕解京，终于伏法，远近大快。
史书上说，李三才“以折税监得民心”。
两淮地区发生灾荒时，他经报请朝廷获准，对灾民加以赈济，还免除了应纳的“马价”（一种苛税的名目），因此李三才的言行赢得了民心和朝野正直人士的赞扬，声望日隆，有可能被推举进入内阁。
齐、楚、浙党一派官员生怕李三才入阁会对自己不利，就连连上疏攻击李三才奸诈贪横。
顾宪成等东林党人则驳斥这些谰言，于是双方又发生了一场笔墨官司。
由于一再受到攻讦，1611年（万历三十九），李三才不得已自动辞职。
这就是当时喧闹得不可开交的李三才入阁事件。
1620年（万历四十八年），明神宗死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。
至此，反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。
结果
由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，1625年（天启五年），明熹宗下诏，烧毁全国书院。
次年，东林书院被拆毁。
东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到魏忠贤及其党羽的杀害。
有“东林六君子”“东林七君子”之说。
1627年（天启七年），崇祯帝即位，魏忠贤被贬南直隶凤阳府看守皇陵，后魏忠贤畏罪自杀，阉党成员被革职下狱乃至处死，自此，阉党集团被彻底剿灭。
正因如此，东林党人余人才免遭打击。
1629年（崇祯二年），崇祯皇帝下令为遭到迫害的东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院。
影响
东林党人号称“清流”，影响着天下的舆论。
上述皇位继承权之争和京察之争，都是统治阶级内部的权力之争。
但是，这并不能掩没东林党人在这些斗争中力图革新朝政、反对统治集团中最反动腐朽势力的进步作用。
由于东林党人威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。
斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代。
东林党人代表了当时江浙商人和地主豪强的利益，反对朝廷向工商业者收税，并借着崇祯帝清除魏忠贤势力的时机，取消或降低了海外贸易税、矿税、盐税、茶叶税等税种的税负，使得明末的财政收入来源更加单一，朝廷的税收来源更加依赖于普通的农民，再加上当时各种天灾不断，造成了大量农民破产，形成大量流民，直接导致了明末的农民大起义。