变种人将西部小城几乎夷为平地的视频传遍了整个网络并在人类社会引起剧烈恐慌，虽然他们击败了外星人，但这并没有让他们成为英雄。事件后的整整一年，已经曝露身份的瀑风火家族在公众眼里无疑是站在人类这一方的形象，洛将吴敦和使徒的残骸全部交给“情报部”共同监管，而核子人依旧下落不明，所有当事人都争相表明自己属于人类社会的态度，没有任何人表现出敌视人类的行为。
尽管整个事件中的唯一反派使徒已被消灭，但变种人的表现出超强破坏力还是给民众心中留下了巨大的阴影。值得宽慰的是，这些变种人并非自然进化而来，准确地说，他们是利用外星科技改造强化的产物，并且在全世界就算加上各大国的秘密部队拥有的变种人特工也不超过五十人，人类完全不用担心自己的地位会被这区区几十个变种人取代，反而对传说中能改造和优化人类基因的神秘射线表示出极大的兴趣。此时却无人知道，不久整个太阳系都会沐浴在这种射线当中，对于人类来说，这才是真正灾难的开始。
距离太阳离表面大约二十万米的太空，使徒通过控制太阳核聚变产生的铁元素重塑金身、满血复活。此时距上次在戈壁大战被吴敦揍成废铁大约一年，既然无法从人类手中夺回“上帝之手”，索性将人类毁灭，让这群林子里的猴子领教神的真正实力，使徒以太阳为武器用尽全力激发α射线，大量的射线通过太阳核心呈指数倍放大并向宇宙空间扩散使整个地球完全曝露在致命的强辐射环境中，发生在“地狱房子”的一幕，要在全世界上演了。不过失去了“上帝之手”的使徒本身也不过就是一种容器一般的东西，又遭到人类重创，即便重新恢复到实体状态能量也已经是大不如前，如果还没灭亡人类就将自己的能量耗尽，它们就会像干电池一样油尽灯枯并自我湮灭，所以唯一的办法就是让人类自我毁灭。
使徒不惜耗尽道行对太阳持续输送能量，虽然进过太阳放大的α射线传播到地球能量已经减弱，但以人类的身体，三年之内若找不到自救之法必然灭亡，三年后使徒的能量也差不多消耗殆尽，人类与外星人的角逐，鹿死谁手尚未可知。与使徒常年打过交道的“工匠会”第一时间就感知到了这种诡异的能量，地球上的各处观测中心随即频频报警，太阳中心毫无预兆地发生有史以来最强烈的磁暴，科学家们都找不出原因。剧烈的电磁脉冲波朗使地球的卫星通讯停止了一秒，由于人们尚不知道这种脉冲会对人的身体造成何种影响，所以并未发上恐慌，多年以后，史官将这一天记录为——“大灾难”的开始。
此时吴煌已经在“情报部”担任人类处理变种人事务的首席顾问，自从上次的毁城事件开始，各国政付也预料了外星人卷土重来的各种设想，不过没想到袭击地球的既不是大军压境也没有能毁灭地球的超级武器，最终等到的只是一阵不痛不痒的电磁辐射，传说中的外星使徒这种水品真是太让人失望了。再说，即使全人类都暴露在了这种射线环境之下也没有人出现丝毫异样。人类社会并没有出现预料之中的大规模人群的情绪骚动和暴乱事件，因为大家都是当事人，虽然这种射线的确在人的脑中造成了一点点烦人的耳鸣噪音，不过如果不留心注意人在一般情况下根本察觉不到这种耳鸣。其实这种耳鸣是α射线中的一种特殊粒子轰击人的大脑皮层的神经细胞造成的幻觉，观察到这一点的科学家不得不对这种射线保持高度警惕、特别是射线中出现了一种人类从来没有认识过的宇宙粒子，这种粒子在微观世界同时具有粒子和波的特性，与人类细胞核内的dna链能够发生强烈的共振，不过以这种射线的能量来说，要撼动排列成人类基因序列的核苷酸结构实在是太过渺小，就好像是蚂蚁撼大树，虽然蚂蚁能够趴在大树上用力，但这点力量对于推到大树来说根本微不足道，因此也没有人出现基因被破坏而出现变异的现象。
但这种辐射的真正可怕之处，恐怕也只有当初唯一从“地狱房子”逃离出来的吴氏兄弟才能心里清楚，太阳射向地球的α射线跟当初在基地中“上帝之手”发出来的辐射本质上没有区别，事实能量要小去不知多少个数量级。也许是上次使徒被重创至今还没有恢复过来，但既然使徒自己都已经是自身难保，为什么还要耗费如此巨大的能量在整个太阳系搞出这个α射线阵呢？虽然使徒再来地球硬攻依然不是吴氏兄弟和核子人的对手，但是使徒不能制造能量只能消耗自己，发动消耗这样庞大的能量大招也无疑不是引火自棼，一个地球接收到的能量虽少，但将整个接收辐射的空间扩展到整个太阳系，以一年前使徒在与吴敦决战时表现出的战斗力来说，这样大功率的能量输出无疑是在把自己耗死。
然而，就在“大灾难”发生的第七天，几乎同一时间，变种人暴走事件在全世界爆炸式地涌现出来，吴煌、瀑风火家族、发明家一共六人聚集在“情报部”的秘密基地之内，通过覆盖墙壁上的数块超大显示屏真在观看着全世界发生的变种人伤人事件，这些视频大部分来源于街头巷尾的闭路电视，还有一部分来自于好事者传上网络的手机视频，经过智能软件的筛选，捡恶劣的在面前整片墙的显示频幕上滚动播放着，枪击、爆炸、无辜市民的喊叫声不绝于耳。位于吴煌正对面的这个频幕正显示着一个赤果着上身的中年男子突然像一枚巨石一样冲向一辆运钞车，转眼间男子便与迎面驶来的运钞车亲密接触，只听得轰的一声，这汉的头将整个车头撞得凹陷进去，自己却毫发无损；再一看，只见他全身都披上了一层乳白色亮闪闪的骨甲，阳光之下莹润剔透，这哥们卡在被撞折的车头里面却也懒得出去，便擒出那覆满着骨甲的双臂，骨甲在他指尖的末端也渐渐变尖，仿佛两只白色的鹰爪一般将车头的铁皮撕纸片一样扒开撕碎，便像一只穿山甲一般直接从车头钻进了后面押款的铁笼。车厢内的两名押款保安早已被撞得三魂丢了七魄，慌忙回过神掳起身旁枪支就是一阵猛扫，来复枪射出的霰弹向一连串鞭炮一样啪啪作响，却伤不到他半分；且待他背了两麻袋子钞票正要撞出街道时，一圈特警围上来，三次警告后马上一阵机枪猛射，将他身上骨片打得猛飞、却仍不见他挂彩，把画面放大一看，原来他身上覆盖的不是骨甲，而是一层拍的密密麻麻犬齿，一颗紧密地挨旁边的一颗、再一排排地挤成一张密不透风的铠甲，被子弹打掉的牙齿立即就在原处的缺口上长出一颗新牙，因此即使密集的弹雨也并伤不到他皮肉，再加上他体表覆盖的牙齿的坚硬程度和快速的再生功能、子弹最多也只能打出他满地的断牙齿……，第一次看到这种刀枪不入的再生技能，围在频幕周围的变种人特工们都不由得“咦”的一生叫了出来。
“厉害厉害！这伙满身是甲的人刀枪不入，看他的外形活像一只白色的人形穿山甲，就叫他穿山甲吧，嗯嗯，对对……”，基地里面是一个封闭的空间，指挥室里面四周都是这些充斥着血腥和暴力场面的显示屏，一般人被困在这里老看这些早就吐了，谁也没想到发明家突然来上这么一句，大家都不不耐烦地白了他一眼，特别是音爆和若舞好像大部分注意力都一直放在他身上，要不是他押了主公的哥哥吴敦，今日非扒了他的皮、抽了他的筋不可。
“他一身的牙齿子弹都打不透，应该叫他钢牙吧”，没想到将军也接上来这么一句，又说：“不管他多硬的牙，我只想你们告诉我有没有信心拔掉这些东西”，将军的语气好像没有在跟人商量，先把敌我矛盾搞清楚，清理人民内部矛盾才能有点法力，有章可循。
就站在他们身后，将军和“情报部”的秘密特工阴阳、箭王、九尾狐，连同隶属于“α人”的特种部队集结在一起，等着这些长老级变种人关于处置这次危机的看法，其实他们的看法倒并不重要，重要的是如果将来这些变种人聚众闹事，眼前的这些人会选择哪一方阵营。顺便说一句，发明家只是普通人类，本来制定针对变种人对策跟他没什么关系，他却毛遂自荐地代表核子人站在这里。
——“α人”或者“α小队”，是“情报部”招募前苏联时期遗留的变种人孤儿组成的特种部队，还有些人是当年的变种人孤儿留下的的后代，第二代或第三代变种人，例如小队队长“仙羽”，他爸爸是变种人、妈妈却是普通人类。人类社会的统治者早在几十年前就知道了变种人的秘密并将它们作为战争工具，特别是对将普通人改造成超级强化人类的探索在前苏联的“中央陆军技术研究本部“取得了突破性进展，科学家首次从变种人体内提取出能够使人类基因发生定向变异的“进化血清”，代号“α”，经过这种血清改造的人类统称为“α人”，这也是人类首支变种人特殊部队研究的开始。直到苏联解体，血清也下落不明，接受过血清改造的人员也四散逃逸，没人说得清有多少人，但当时对于变种人领域的研究才刚刚起步，加上制作“进化血清”的成本极其高昂，能够接受这种改造的士兵不会太多。“情报部”特工在上世纪末终于得到这种进化血清的样本并致力于血清的继续开发与研究，同时搜集到无数关于变种人士兵的情报，这些变种人本来就是拿来当做武器培养，苏联解体后他们大多数人的营生也离不开雇佣兵、杀手之类的这一行，因此只要有他们的用武之地便会欣然前往。利害的是，早期的第一代血清失败率非常之高，对于人体造成的伤害也极大，为了使这种技术能够安全和普及，“情报部“的科学家慢慢找到了降低这种血清毒性的方法，可惜制作出来的对人体没有伤害的血清却并不能达到使人体变异的效果，换句话说，将血清的毒性或者致癌性消除的同时，它本来的效力也被完全破坏了。
话分两头，如果说一年前民众对变种人摧毁西部小城的所作所为在舆论共识上是变种人为了保卫地球与外星使徒作战而不得已为之的话，现在的情况却是数以万计的变种人明目张胆地在大街上犯罪。一时间，无数这样的超能力者突然从世界各地不知道哪个角落里窜出来，或者平时生活在身边的普通人突然发难，凭借惊人破坏力横行无忌、为非作歹，只要是出现变种人的地方就是暴力混乱，犯罪率直线上升，人民群众生命财产损失非常严重。
大数据统计，变种人的人数在几天之内便突然增长到十万之巨，他们呈没有任何规律地零散分布，不过大部分变种人能力并不高，总是突然出现进行低智商犯罪，当下被警察立即逮捕，就想这些人突然发作了精神疾病一样；而根据对这些罪犯的调查显示，他们几乎都是普通公民，一星期前出现身体不适，大脑中的噪音折磨得他们无法转移注意力，直到连续四十八小时保持清醒的状态之后生物钟紊乱，非常饥饿口渴，无法睡眠，精神崩溃，然后身体内部出现一种抑制不住的力量不得不发泄出来，身体发生不可思议的变化不知什么时候能够使用特殊能力，直到让自己的狂躁完全爆发出来，走上街头使用暴力犯罪，宣泄暴力时又有说不出的快感。从外在的表现来看就是人的情绪变得异常愤怒，同时表现出欲壑难填并开始表现出掠夺性和攻击性，残存一点理性能够控制自己时会抱头哀嚎，精神上底线完全崩溃后便开始盲目地攻击身边一切有生命迹象的物体。
“大灾难”的第三十天，变种人数量接近一百万，之所以统计如此迅速是因为几乎所有的变种人都在公共场合表现出外在的侵略行为，对这些变种人的诊断也有了新的结果，科学家从他们的大脑中发现了一种奇怪的变异组织，而检测出已经发生这种变异的人群则达到一千万，但大部分人并没有进化出超能力而是因为这种组织在脑中无限制地生长而脑积水死亡。根据电脑汇出的数学模型，这种变异脑组织的出现正是因为α射线对人体细胞dna结构损坏产生累积效应的结果，人类的变异从三十天前就已近开始，之所以有的人发作有的人没有表现出来只不过是因为有的人显性基因先被破坏而有的人隐性基因先被破坏，随着射线持续破坏人体细胞的基因序列，发作只是一个时间问题，如果找不到自救之法，仅需两年半的时间，地球上的所有高等智慧生物便毁于一旦。
“大灾难”一周年，变种人数量一千万，大规模的暴动骚乱席卷全球，变种人出现大规模聚集的场面，成千上万的变种人大军战力强大，人类军队无力剿除，一些热点地区原本局势就不稳定，由于出现变种人极端权力分子刺杀政付首脑的事件导致国家群龙无首、内战爆发，全球人口损失超过一千万，最着人类社会越来越动荡，不少极端分子开始将袭击目标对准大国首脑。