2.全面控制朝鲜，排挤日本势力
由于机警果断地应付了两次事变，袁世凯在朝鲜和国内都赢得了很高的赞誉。1885年11月，清政府派他以驻朝总理交涉通商事务大臣的身份再赴朝鲜，全权处理在朝鲜的相关事务，并指导朝鲜的内政外交，直到1894年甲午战争爆发前回国。这段时期内的朝鲜问题从根本上说就是如何处理对日、俄的外交问题，袁世凯从加强中朝宗藩关系出发，积极执行李鸿章的“以夷制夷”政策。
袁世凯驻朝的这十年期间，也是中朝宗藩关系最为强化的阶段，同时，英、俄、美等势力也相继介入朝鲜半岛。面对这种复杂的局面，袁世凯认为俄罗斯是朝鲜的最大威胁。“夫俄人与在亚洲占据海口，屯驻水师，以遂其鲸吞之计，如不取诸韩，将焉取之？”相比较而言，日本由于政治上控制朝鲜的势头受挫，暂时放弃进取政策，虽然也是朝鲜的心腹大患，但在他看来，“日本疆域与朝鲜等，从以改用西法，侈言功利，外强中干，党祸迭起，自谋不暇，何暇助人？且素性狡黠，唯利是视，此可为连和，而不可为依恃也”。从袁世凯这段评论可以看出，他对日本在明治维新后的发展并没有全面、客观的认识，大体上还是和国内李鸿章等人抱有同样的看法。所以在他任内，对日外交还是以维护中朝的宗藩关系为出发点，既防俄又防日，同时利用列强之间的矛盾”以夷制夷”，中日两国在朝鲜的关系相对维持了一种和平的局面。
不过，日本对朝鲜的策略，虽然被迫作了调整，但其根本上的侵略政策并没有实质的改变，只是暂时放弃政治进取的政策，而加强经济侵略与移民，试图从经济上控制朝鲜的命脉。对这一点袁世凯却是看得相当清楚:“诚以甲申以后，至于朝鲜寇仇已深，不可复合，前此愚弄之计皆无所施，委派和平柔懦之士如高平、近藤者充当使员，周旋其间，以弭衅端，而专力于兴起商务，召集商民，盘根植固，倍屣华夏，其处心积虑固不图为今日计也。”
为抵制日本对朝鲜的经济渗透，袁世凯积极发展华夏在朝鲜的经济力量。他集中力量扩充华商在汉城与仁川的商务，采取了增建华商会馆、扩充租界以及尽力招徕华商等措施，因而华夏在朝鲜的商务及中朝之间的贸易往来发展迅速。
到甲午战争爆发以前，《江华条约》后形成的日商独占朝鲜市场的局面已不复存在，部分地区华商后来居上，甚至超过了日商的势力。此外，袁世凯还利用华夏宗主国的地位和自己的特殊地位，在对朝鲜的贷款、电报线路的铺设、远洋和内河航运等方面和日本展开竞争。经过这些努力，华夏在朝鲜的经济力量和影响日益扩大，华夏对朝鲜的商品输入额在短短时间内，从占朝鲜外国商品输入中的19%上升到45%，虽然与日本还有一定的差距，但其发展速度已相当惊人。在李鸿章的保举、提携下，袁世凯的仕途也一帆风顺，由知府至候补道并赏加二品衔，1893年，又被补授为浙江温处道，仍留在朝鲜。
也正因如此，日本人一直对袁世凯恨之入骨，把他看作侵略朝鲜的最大障碍，多次试图寻找机会把他赶走。李鸿章就曾经说过，袁世凯“历年驻韩据倭，与倭夙嫌已深”。以至于国内有人在甲午战后把袁世凯当作引发战争的罪魁祸首，其最主要的证据就是他在朝鲜的所作所为。“虽曰尊中朝，而一味铺张苛刻。视朝鲜如奴，并视日本如蚁，怨毒已深，冥然罔觉。”袁世凯是否是战争的罪魁祸首另当别论，但他与日本人的矛盾却是不争的事实。
3.甲午中日战争前的对日交涉
甲午战前十年间，日本迫于形势对朝采取“退婴政策”，即相对和缓的政策，并默许清政府在朝鲜的特殊地位，却并没有从根本上改变其扩张政策，“征韩论”与“惩清论”的呼声在日本国内始终没有间断过。尤其是19世纪90年代后，伴随着国力的进一步增强和国际环境的变化，国内的扩张主义开始在政府政策中占据上风，对朝鲜重新采取积极扩张政策就成为势所必然，所缺少的只是时机和机会而已。1894年4月，朝鲜爆发了大规模的反对贪官苛政的“东学道”起义，给日本提供了借题发挥的绝好机会，从而成为中日战争的导~火~索。
早在1893年，日本国内已经在酝酿对朝政策的转变，而袁世凯却多次向李鸿章报告说:“揣倭时势，决不敢与华生衅，特知华志传和局，故为跳梁，冀售诡谋。倘华牢持定见，不稍假借，倭自必改图。”东学道起义爆发后，日本出兵朝鲜的传言越来越盛，但袁世凯仅依靠派员对日本使馆的刺探和自己长期以来的经验判断说:“应不至遽有兵端，调兵来韩说或未必确。”朝鲜官军镇压东学道起义不力，屡遭挫败，甚至威胁到了京城的安危，被迫向清政府求援。
而在清政府方面，出兵与否，日本方面的态度如何至为关键，身在朝鲜的袁世凯的意见就显得相当重要。袁氏本人对出兵援助本来就十分热心，在他看来，宗主国代为出兵戡乱是理所当然的事情，所以朝鲜一提出要求，他就积极地表示赞同。在日本方面，其驻朝使馆人员向袁世凯刺探情况，并极力怂恿华夏出兵，并且表示日本“必无他意”。
在这种情况下，袁世凯电告李鸿章:“韩归华保护，其内乱不能自了，求华代勘，自为上国体面，未便固却？？如不允，他国人自有乐为之者，将置华于何地？自未必不可却之举。”至于日本方面，袁世凯认为根据条约日本没有出兵的理由，再加上朝鲜和各国的反对，日本肯定不会出兵。“日如多事，似不过藉保护使馆为名，调兵百余来汉。”这些意见，对清政府最终决定出兵朝鲜起了很大的推动作用。
不过，让袁世凯始料不及的是，日本方面早已开始秘密动员，做好随时出兵的准备，甚至决定一等华夏出兵，就采取军事行动。1894年6月3日清政府决定出兵，6月6日通知日本方面，6月7日日本也宣布出兵朝鲜，6月8日日军即开始大批开进朝鲜。应该说，在这一问题上，袁世凯的情报和判断都出现了严重的失误。究其原因，一方面，与他长期以来低估日本实力的心理有很大关系，另一方面，他对敌情并无可靠的情报来源渠道，对日本方面知之不多。袁的失误直接影响了清政府的决策，应该说是甲午战争爆发的一大诱因。
日本出兵朝鲜既然已成事实，袁世凯就在李鸿章的指示下与日本进行关于撤兵问题的交涉。他一方面直接和日本驻朝外交人员接触，希望和日本公使直接谈判，另一方面指示朝鲜方面抗议日军登陆，并尽力阻止日军进驻汉城。另外，他还积极联络驻朝的外国外交团，企图利用他们的力量阻止日军进入汉城。但是，日本人这次有备而来，再加上朝鲜政府软弱无力，列强的调解口是心非，袁世凯的一切努力均告失败，6月9日，他向李鸿章报告说:“惟倭今年因韩轻侮顽疲，迭有应照约驻兵挟制之议。今果趁机行，似非口舌所能阻，即来又恐非暂时所能去。”至此，袁一改以往对日本的轻视，意识到了事态的严重。
日军侵入朝鲜后步步紧逼，要求朝鲜改革内政，不承认华夏的宗主国地位，加剧中日冲突。而主持对朝政策的总理衙门和李鸿章虽然也认识到了日本的野心，但是坚持外交重于军事，期待列强的调和，不愿意大举增兵。在这种局势下，袁世凯虽然在朝鲜努力交涉，却毫无结果，已意识到战争不可避免，因此他开始建议清政府增兵朝鲜，并酌请英、俄等国调停，军事与外交并用。6月18日，他接连建议李鸿章增兵说:“倭势甚凶悍，各国员(指各国公使)殆已无可如何。”
“凯迭与(日本公使)商，均反复，极可恨，恐非口舌所能争。”“似应调南北水师，迅来严备，续备陆兵。”其后，日本利用优势军事力量一步步开始把持朝鲜政局，排斥华夏势力，朝鲜内部亲~日派势力日益嚣张。对此，袁世凯已经认识到仅靠外交调停“恐无益，徒误我军机”，建议清政府早做军事筹划，应付已经不可避免的战争，但没有被接受。他本人在朝鲜的处境也日渐艰难，为脱离危险，请求回国。7月19日，袁世凯乘船回天津，此时的中日战争已经是一触即发了。
甲午战争中，袁世凯被李鸿章委派负责军队的后勤工作，目睹华夏军队的节节败退，他在寄给其六弟袁世彤的信函中说:“京堂大国之束手，为小丑所困，倨非天乎？然亦有谋之不臧，平时不能绸缪也。”1894年11月，日军进入华夏东北地区，袁世凯看到军事已经无望，建议和谈，认为“事势至此，惟停战议和，徐图报复，较合算”。
战后，尽管袁世凯因为战争的发生饱受指责，但他自己对这场战争的发生有了比较清醒地认识。“伏查倭人十数年来，外示联和，内蓄叵测，其甘言愉色使我略不猜防，而整顿武备，踏勘形胜，密以谋我。迨祸机突发，我已支吾不暇，故败挫频仍，不克抵御。究其本源，虽由于练兵诸统将多未得人，亦由于未雨绸缪之义有所阙如。此故华夏覆车之鉴，要以华夏更始之机也。”作为中日交涉的亲身经历者来说，这样的认识可以说相当深刻。
二、封疆大吏时期:从以日为师到“联英美制日俄”
从1894年至1908年，袁世凯在政坛上经过短暂的沉寂后，很快由编练新军起家，历任山东巡抚、直隶总督兼北洋大臣、军机大臣兼外务部尚书等要职，还同时兼有各项要职，可以说在仕途上飞黄腾达，成为清政府中举足轻重的人物。在这一时期，因为职务的关系，直到升任直隶总督后他才参与对日外交政策的制订及对日交涉的活动。但如何看待日本及处理与日本的关系，在袁世凯的活动中自始至终都占据重要地位。大体说来，袁世凯和日本的关系可以分为两方面内容:以日为师学习日本，从联日制俄到联英美制日俄的“以夷制夷”外交政策。
1.以日为师学习日本
甲午战争中，华夏竟然被日本这样的蕞尔岛国打败，这给华夏的思想界和士大夫阶层造成极大的震动，日本也由过去轻视的对象转变为许多人心目中学习的榜样，袁世凯对日本的认识也发生了这样的转变。同时，由于过去十几年在朝鲜的直接交手，他的认识又要比一般人更为深刻。甲午战后，袁世凯上书军机大臣李鸿藻、翁同和等人，鼓吹变法革新，认为“日本变法，雄称东亚，缅、越守旧，渐就澌减，近世之效，彰彰甚明”，“然目今华夏形势，舍自强不足以图存，舍变法不足以自强”。对照战前他对日本的看法，简直判若两人。
不过，在袁世凯看来，变法的当务之急是模仿西方的营章操典整顿军队，编练新军，“而日本兵之取则欧洲，其兵书纂述宏富，文字相近，易于译录”，是模仿学习的最好对象。因此他在编练新军的过程中主要是向日本学习。袁世凯所编练的北洋新军的体制和操练方法都主要仿照日本军制。从1896年起，袁世凯派出北洋武备学堂毕业的孙传芳等一批军官赴日本学习军事，此后相继派出大量军官赴日本留学。此外，他还聘请了大批日本顾问和教习，如立花小一郎、板西利八郎等。在直隶总督任内，袁世凯在直隶地区推行“新政”，在当时颇负盛名，其中许多措施是以日本为蓝本。
正因如此，袁世凯在这一时期与日本维持了一种相当密切的关系。而在日本方面，此前在朝鲜时期对他所形成的恶感也逐渐消除，日本甚至对他寄予厚望。“日本外交官和军人都把他视为独一无二的朋友”，在他们看来，“在当今华夏没有比袁更高明的人才，华夏的政府今后必定归他掌管，因此，现在如拥护他的立场，他则必定感恩戴德，更加采取亲~日主义。如他丧失其地位，亲~日精神就会消失，我们的对华外交将陷入长期的黑暗之中”。
2.从联日制俄到联英美制日俄的“以夷制夷”外交
就任直隶总督兼北洋大臣后，袁世凯开始参与清政府外交政策的制定。在这一时期，日本先是与俄国为争夺朝鲜和华夏东北进行战争，随后带着战胜国的威风不断扩大对华夏东北的渗透与侵略。为应付这种局面，袁世凯基本上延续了李鸿章“以夷制夷”策略，在日俄战争中表面保持“中立”，实际倾向日本；随后，采取联英美制日俄的策略应对日本的侵略。
1903年11月2日，为应付在华夏东北领土上一触即发的日俄战争，清廷急召袁世凯与湖广总督张之洞进京，谋求对策。袁世凯“密陈”东三省事宜“自保”之策，也就是“局外中立”。在他看来:“附俄则日以海军扰我东南，附日则俄分陆军扰我西北。不但华夏立危，且恐牵动全球。日俄果决裂，我当守局外。”清政府采纳了这一建议，日俄战争爆发后，宣布“局外中立”。
不过，在执行“中立”的过程中，袁世凯却明显偏向日本。这是因为在日俄战争爆发前，俄国对华夏的威胁最大，领土野心也最为露骨。在清政府宣布“中立”后，日本已率先表示同意，英美等国也表示赞成。袁世凯最担心的是俄国的态度:“惟俄国阴鸷性成，未必肯定，纵使迫于各国公议，不得不许，而战在我境，处处得有藉口，乘机挑衅，恐所不免。然无论俄人意向如何，在我先从守局入手。一面厚集兵力，严加防范。”从两害相权取其轻的角度考虑，他决定采取暗地支持日本的立场。其中最明显的表现是，在日俄战争过程中，他与日本驻华武官秘密谈判，联合成立了由中日两国军官组成的守田情报班，派遣以段芝贵为首的16名情报军官对俄军后方情报进行收集，随时了解其军事动向，以便采取必要对策，并为日本服务。
日俄战争以后，由于日本的势力逐步渗透到东北地区，严重威胁到华夏的安全和主权，袁世凯改变了原来的联俄制日的态度，采取联英美制日俄的政策，在东北地区引入英美等国的投资对抗日俄。1907年，袁世凯的亲信徐世昌、唐绍仪、段芝贵、朱家宝等在袁的支持下分别掌任东三省督抚。在徐唐等人赴东北任职前，袁世凯将他们招到天津，专门讨论东北的内政外交问题，当面授以联英美制日俄政策。这种外交方针，正如当事人所评论的那样，“与不平中求不平，偏利中求偏利”，“使各国鹬蚌相争，而我得收渔人之利，此李文忠外交之秘诀，病殁以授荣(禄)相者”。正是在袁世凯的支持下，徐、唐等人在东北努力抵制日本的渗透与侵略，想方设法对抗日本要修改安奉铁路的要求。到1910年1月，在美国的支持下，提出东北铁路中立计划。
所以，当袁被迫下野时，日本浪人川岛浪速建议清朝大臣把他杀掉，以便铲除后患，只不过限于种种因素没能实现。由此可见日本人对袁世凯的仇恨之情。袁世凯被解职后，日本趁机与清朝订立了一直迟迟拖延的有关东北问题的五、六个协定。袁世凯所制定的“联英美制日”政策，对以后的北洋政府、张作霖乃至南京国民政府的对日外交方针都产生过重要影响。
从根本上看，李鸿章、袁世凯等人的“以夷制夷”外交策略是在本国国力较弱的基础上，在列强斗争的隙缝中求取生存的应付之道，只能依靠列强之间的矛盾来维护国家权益。所以，当处理具体的外交问题时，往往会表现出妥协、退让，这是由自身实力所决定的。袁世凯在外务部尚书任内对二辰丸事件的处理，就集中体现了这一特点。1908年2月5日，日本商船二辰丸非法向华夏运送军火，在澳门洋面被华夏海军查获，并将船只扣留。随后，日本驻华公使林权助向华夏外务部抗议，声称该商船系运往澳门，华夏将其扣留是违法的，要求华夏将船交回，惩办官员，赔偿损失，并赔礼道歉，“不然日本政府当行相当之手段”。在这种情况下，袁世凯不顾国内各界的强烈反对，全部接受了日本的要求。为抗议这一行动，广东商界掀起抵制日货运动，又被袁世凯命令各地弹压，“严查解散，免启事端。”客观地说，袁世凯的行为在主观上确有维持“和局”的考虑，但一味的妥协退让，实属不当，为此招受国内诟詈也就在所难免。