在赶往四川的途中，通过襄阳西北山区的三一教驻军总部，穆青向军务总督府的穆一成发出密令，正式下达了整体部署和安排。
由穆一牺、穆一牲、杨一政、杨一才率川军三十万，外加五万骑兵组成川北方面军，准备协守剑门关，对付蒙哥的进攻四川的20万大军。穆一牲为主帅，一切均可机断处置，并请摩尼教的四旗协助之；另穆一虏、杨一其、杨一尽率军10万负责四川、大理与吐蕃方面的防御。穆青有意将川军全部调回四川，本乡本土，保家卫国的激情更容易激起。利用剑门关的险要地势，以逸待劳，力争全歼蒙军。
由陆秀夫、杨一生、杨一耕、杨一有率步军10万，骑兵五万组成淮南集团，另加水军1万协守淮南诸地，对付敌人小规模的佯攻。
最重点的襄阳集团由三部分组成：由穆一言、吴一万、吴一民率步军15万，骑兵5万为西集团，出襄阳西北山区，依靠自北向南的江河天险据守；由岳思北、韩举、杨一等率步军15万，骑兵5万为东集团，利用穆青前两年开挖的运河为基地，堵住东面；命穆一辱、穆一鞑、穆一共、杨一人、杨一治率领湖湘赣闽精兵30万，外加大理藤牌军5万隐蔽运动到北面，负责封堵由忽必烈率领的20万进攻襄阳的蒙古大军的退路。剩下的15万骑兵也全部调给他们，作为预备队和机动力量。上述三路大军务必待忽必烈完成对襄阳包围并开始进攻的两周时间内运动到位，穆青下定了决心，要将来犯的蒙古人一网打尽，聚歼于坚城之下，实现它谋划已久的战略。
当穆青他们昼夜兼程赶到川北的时候，由蒙哥汗亲率的20万蒙古大军也已经兵分两路分别由平凉、凤翔和临洮府南下，至利州两路大军正是会和后浩浩荡荡向剑门关奔来。如果没有记错的话，这里正好是蜀汉诸葛孔明六出祁山的道路，也是后来钟会、邓艾与姜维大战的古战场。为占据有利地形，以逸待劳，根据穆青的总体安排和指令，南方大军先后放弃了利州、兴元府等地，大部队运动隐蔽到了两侧的山地，有意让开大路，沿途除了一些零碎的骚扰之外，对于蒙古大军基本上没有进行有效的抵抗，这更助长了蒙古大军的狂傲气势，本来需要一个多月才能走完的川蜀古道，蒙古人用了不到一个月就逼近了剑门关。如果不是因为山路难行，给养成问题，他们也许来得更快。当然，蒙古人对于给养的问题本来也并不太担心，因为他们本就是来进行抢劫的，只要攻下四川，足够他们抢几年和吃几年的。在蒙哥汗及其手下看来，这支主要由蒙古勇士和色目人组成的大军，肯定会所向披靡，一战而定四川。现在身临其境，穆青也真的感慨，四川有如此险要的地势和据点，竟然让人家一而再、再而三的攻克，那些统治当局也实在是太过于无能了。
当穆青他们赶到穆一牺的川蜀节度使中军大帐时，时间已经是十月初了，这时蒙古大军已经屯兵于剑门关前，绵延十多里，简直是旌旗蔽日，杀气腾腾。就在穆青到达的前一天，蒙古人对该关隘的进攻也已经开始了。一开始，蒙古人在实行一系列火药爆破之后，就采取大兵力突击的方式像潮水一样涌向了剑门关主楼和东侧的平顶山。蒙哥严令各军，必须速战速决，夺取剑门关，进入成都平原，不然，蒙古大军立于如此险地，极易遭到伏击不说，光是粮草运输都是大问题。当然，在蒙古人看来，这也是高看南方军队才有的担心，毕竟这么多年来，南方人除了在一些险要城池和关隘进行拼死防守之外，那有什么像样的反击和进攻，更不可想象他们会组织反包围。因此，蒙哥这样向进攻的军士吆喝，也是为了让他们增加点紧迫感而已，从骨子里说，不仅那些将军和士兵们，连他蒙哥本人也没有真的把四川守军放在眼里。也正是因此，他才让自己的弟弟率军围攻襄阳，他本人则攻打四川，捡个软柿子捏，然后来个大迂回，占据江南大地，与忽必烈会师襄阳。
这场战斗从一开始就充满了残酷和激烈。也亏得穆青为王坚他们淘汰和更换了所有的老弱病残，并增派了5000名精兵和大量的大炮、火器置于关楼东侧的平顶山上，依靠险要的地势和大量火炮，才勉强撑住了蒙古人前七天的攻势，饶是如此，还是损兵折将，城内三万守军中约有上万人伤亡，关楼也是数次遇险。关键时刻，靠的是王坚老将军的身先士卒以及川蜀武林大会分会的武林人士拼死拼杀，才堵住了差一点就被蒙古人突破的口子，力保关口不失。无奈，王坚只能一面给部下鼓劲，准备誓死一战，与剑门关共存亡，一面向川蜀节度使求援，希望增加援军，以确保关口不失。
消息传到穆一牺的大帐后，正在调度各路大军迂回包围蒙古人的穆青和穆一牺经过反复研究，决定除了给他们充足的粮草和军备供应之外，暂时不把预先准备的2万名预备队拉上去。原因一是时机太早，蒙古人这才开始进攻一个礼拜，真正的攻势还在后面；同时还有一个更重要的原因是剑门关一个小小的关隘和因关而筑的小城，关内已经有王坚的三万人马，再加上关东山上的5000名兵士，根本就摆不开。当然穆青还有自己的想法，那就是尽量让这些守关的兵士和将领尽最大努力，否则一遇到险情，就要求增援，那还了得。何况穆青也相信以王坚的本事，再守两个礼拜应该不成问题，而他现在正在调集大军完成更重要的事，根本也无精力考虑王坚的问题。需要声明的是，穆青这里绝对没有后世******的那样狭隘的心理，把人家当成杂牌，打着最好被蒙古人吃掉的主意，而是纯粹出于全局考虑。因此，穆青以穆一牺的名义回答王坚，援军正在调集，但是最少需要坚守两周，粮草军饷、武器弹药给与充足供应，王将军务必以现有的力量，守住剑门关，最少不能低于两周的时间。
在随后的一周多的时间里，王坚带领剑门关守军可谓浴血奋战，用尽了各种各样的办法坚守，从大炮、手雷、到箭支、石头、甚至开水、滚油各种各样能够迟滞和阻挡敌人进攻的办法都用上了，直到最后大刀长矛捉对厮杀。十天下来，守关的三万将士，身体完好的已经不足一万，这还是关后的剑门县城几乎是全民皆兵，连上了年纪的老人和妇女都上了战场，显然要与蒙古人拼争到底。看到这样的状况，穆青心里有点软，差一点就要使用手中的预备队了，但是，最后他还是忍住了，因为一切要以大局为重啊！
在这宝贵的十天里，杨一政、杨一才各自率领的10万大军已经隐蔽运动到了接近蒙古大军东西两侧的山上，从东西两面对蒙古军队进行了包围，而承担阻挡蒙古军队退路的穆一牲的大军除了五万骑兵和摩尼教的的烈火、厚土、锐金、巨木、洪水等五行旗刚刚赶到蒙古大军身后约有五里之处外，其他步军至少还需要五天的时间才能堵住口子，组织正面防御。为了防止蒙古人发现被彻底包围，突然撤退，穆青一面命令东西两侧包围蒙古人的二杨他们，注意隐蔽，只有在发现蒙古人有撤退的苗头时，才能立即发动进攻，尽量杀伤蒙古人的有生力量；同时，又让摩尼教的五行旗，抓紧部署阵势，做好准备，以阻挡蒙古人后退突围时的进攻。
为了彻底阻住并全歼来犯的蒙古人大军，穆青亲自部署担任阻击的军士构建了宽约三四百米，从大路两面的半山腰开始，纵深达10里的防御阵地。最前面的是由五行旗厚土旗挖的陷阱、暗坑，绵延近一里多地，里面密布铁刺竹签，完成后退居山上，与洪水旗一道分局两边进行首次防御；接着是烈火旗在紧接着的一里多地里埋藏炸药、硝石等引火材料，然后他们就与锐金旗登上了自己防御阵地两边的山头上，准备喷洒油料，放火引爆；最后的巨木旗负责在随后的三里多地上，用巨木构建十数道障碍和阵地，将整个山路堵死，山头两侧则由穆一牺赶来的大军负责防御。再往后，则是穆一牺军士赶到后，利用石块和树木在其后的几里路上临时设置一些简易的阻碍物，也由他的大军占据两面山地进行防御和阻击。最后一道是川蜀军队的五万骑兵，他们将是防止蒙古军队漏网和逃出来的最后一张盾牌，同时也负责截获运送粮草的蒙古后勤部队。当然，这一行动只是在对蒙古人完成彻底包围时才能进行。因为穆青还必须考虑到稳住进攻襄阳的忽必烈部，他有意掩盖消息，并在总共的时间上有意朝后拖，也是为了防备进攻襄阳的忽必烈大军在得到消息后仓皇后退。时间直拖到了10月底，襄阳保卫战已经开始了近半个月了，襄阳方面也已经完成了对忽必烈大局的初步包围，穆青才下令最后扎死了口子，将蒙哥汗关进笼子，断绝了他们一切与外界的联系。而与此同时，根据穆青的指令，襄阳方面对忽必烈的军队暂时只采用秘密的松散包围，拖到四川方面开始总攻了再扎紧口袋。
最难熬的这五天终于过去了，根据时间估计和襄阳方面的情报消息，忽必烈已经开始了对襄阳的进攻，襄阳方面的负责堵口子的南方大军也基本到位。而四川方面穆一牺的步兵大军也终于来到了指定地点，接替了临时由摩尼教五行旗和骑兵担当的临时防御任务，山坡上、各道临时建造的阻击阵地后面各种大炮均已部署完毕，弓箭手、盾牌手也业已即位，可谓万事具备。而与此同时，蒙古人对剑门关的攻势也又一次达到了白热化程度。不仅东面山顶的炮兵阵地失而复得，靠着5000名士兵的白刃战，靠着那道数十丈陡峭的山崖的天险，蒙古人攻上去的人数不是太多，这才在损失了近两千人的代价，夺回了阵地，否则蒙古人居高临下，剑门关将成为虚设。
而与此同时，剑门关的形势也好不了多少，甚至比山上还要更糟。不仅整个城门楼子被蒙古人的火药投掷器给轰得几乎无物，延续到西侧较为平缓的山地上的垛墙也多处被攻破，全仗着王坚和众兵士、武林人士用血肉之躯抵挡，这才勉强保住了剑门关不失。而这时守关的士兵，已经基本上没有一个完好的人了，真正能战斗的轻伤员充其量不过五千来人。在最后一次战斗中，大将王坚也身负重伤，现在正躺在担架上指挥战斗，形势万分危急。
终于在打退蒙古人的最后一次冲锋后，王老将军伤重昏倒在城墙上。也在这时，穆青原来准备的2万名预备队在穆牲二的带领下来到了关上，正式接手了关防，原来防守关口的三万名官兵，已经有一多半阵亡，剩下的一万多名士兵也伤痕累累，他们与王将军一起被撤到了后方修养治疗。蒙古军队也为这个关口抛下了近四万具尸体。是夜双方偃旗息鼓，都在忙着救护自己的伤残士兵，考虑下一步行动。蒙哥汗非常震怒，没有想到一直以来都所向披靡的蒙古大军，竟然在这个小小的关隘前折戟沉沙，不仅整整被阻隔了近一个月的时间，还使得4万名精锐士兵魂断关前。更有甚者，今天最后一次进攻本来已经有几处被攻克，然而最终却功亏一篑，又被人家赶了下来，实在令人感到晦气。大怒之下，他连斩了两名千夫长，并命令属下，明天一定要一鼓作气，占领剑门关，率先攻上关楼的，封万户侯，赏黄金千两，蒙古士兵也一改最近几天的沮丧，一时军情大振。蒙哥所以如此，一是确实有些恼火，决定孤注一掷，二是后方已经有四五天了没有任何消息传来了，运送粮草的部队也没有再来，昨天他派出去侦查的小分队也没有一个人回来，因此他心里开始感到有些莫名其妙的惊慌，再加上兵士们报告，在自己大军两侧的山峰上，出现了监视蒙古军队的可疑人等，一切都显示来者不善。也许这次真得是冒险了，没有顾及到南方人会有反击行动，更没有顾及到小小的剑门关会防守的如此严密和坚固。想来想去，蒙哥决定一不做二不休，先破釜沉舟攻下剑门关再说，一旦突破关口，进入成都平原，不仅给养问题迎刃而解，蒙古大军的机动能力的优势也可以得到发挥，即使有什么不测，也足以应付。
而与此同时，在穆一牺的大帐内，经过穆青的同意，穆一牲也最后发出总攻开始的命令，决定围歼剑门关外的蒙古军大军的战斗将在明天一早蒙古军队开始进攻剑门关战斗开始时进行，意在出其不意，攻敌不备。
第二天早晨，卯时刚过，辰时刚到，蒙古军队已经饱餐战饭，向剑门关一带靠拢，在一阵阵战鼓声和刺耳的牛角号子的声音中，一些敢死队员们率先爬上云梯，开始进攻，而作为全军统帅的的蒙哥大汗也身披战袍铠甲，骑在马上，亲自指挥攻城。也就在蒙古人第一波攻势开始的时候，他们也感到了异常，一是守关将士突然清一色换成了新的生力军，同时两面的山顶上突然想起了惊天动地的呼喊声，伴随着喊声，万炮轰鸣，乱箭如雨，那些土制的手雷、炸药包、石块等一切能够杀伤蒙古士兵的东西从剑门关上、从两侧的山上铺天盖地向蒙古士兵的头上砸来，长达近十里的蒙古大军的长蛇阵几乎同时遭到了攻击，简直首尾不能相顾。
这时，蒙哥汗终于明白了他真的是中计了，而且是面临着灭顶之灾。不过蒙哥毕竟身经百战，虽败不乱，危急时刻，一面收拢自己的士兵，一面让军士奋不顾身抢夺关隘，他自己甚至已经前进到离剑门关不足十数米的距离，就差直接攻城了。但是，两面山上强大而不间断的攻击却使蒙古人受到了巨大的损失，半天下来，蒙古士兵的伤亡至少有一半以上。然而，都说蒙哥非常刚愎自用，也还真得不假，这时候还真得显示了出来，蒙哥身先士卒，蒙古大军仍然像潮水一样登上剑门关，剑门关马上就要失守，果真如此，让部分蒙古士兵冲过剑门关，这次战役的成果势必大打折扣。如此危局，连在山上观战的的穆青有把心提到了嗓子眼上了。然而，很多事情冥冥中自有天定，就在蒙古人眼看就要占领剑门关的时候，东面山顶上突然轰来一炮，不知何故这一炮竟然打偏了，没有轰向蒙古人，而是打向了剑门关的城墙，轰得一声，一个城墙垛子被炸得粉碎，碎石断砖到处乱飞，本来正在因为自己士兵马上就要登上城楼而高兴的蒙哥，突然被一块飞来的碎石击中，立即脑浆破裂，死了！
“蒙哥大汗死了！蒙哥大汗死了！”城楼上正在拼死抵抗的南方部队的士兵听到喊声激情大振，拿出最后的一点力量进行着坚守和反击，两面山上的的伏兵更加大了攻击力度，在三面夹击中，特别是听到漫山遍野的呼喊蒙古大汗死了的叫声中，蒙古士兵最后的一丝斗志终于被击垮了，在随行的蒙古将军的传令下，剩下大约不到十万的蒙古残兵败将终于放弃了对剑门关的围攻，在两侧山头上的不断攻击下，前队变后队，狼狈向后撤退。
然而，蒙古人做梦也没有想到，这才是他们噩梦的开始，因为撤退绝非他们想象的那么容易。他们还意为最多不过像以前一样，胜不了就退回去重来，天生软弱的南方人根本就不会乘胜追击，甚至连阻挡蒙古人撤退的勇气都没有，因为他们这时也许可能已经开始庆祝自己的胜利了，想吃了麻醉药品一样兴高采烈。然后再等待几年，重复再次遭到蒙古人进攻的噩梦。令他们感到不可思议的是，现在的川蜀故道可不比从前，穆青显然无意放走任何来犯的蒙古人，他费了这么多年的精力，特意安排在这个古战场上，利用这个天然的险地，消灭蒙古人的有生力量。因此一面是两侧山上的二杨大军尾追攻击，一面是穆青为蒙古人准备好的一顿顿大餐。
先是一里多长的陷阱、暗坑，飞奔撤退的蒙古军队冲到这里一下就乱了套。冲在前面的人马瞬间就有上千人马栽入陷阱和暗坑中，或伤或亡，偏偏被阻在陷阱阵前的蒙古军队又遭到了两面山坡上的摩尼教两旗的攻击，又死伤了数百人。等到大批蒙古军队小心翼翼地通过陷阱阵后，一个更残酷的考验摆在了他们的面前，这一里多路的火药硝石在摩尼教的烈火旗和锐金旗的攻击下，到处一片火海，爆炸声更是石破天惊，其恐怖简直让刚才过去的陷阱阵根本就不值得一提。这一阵出击，蒙古骑兵虽然冲了过去，但是至少有近万人因之伤亡。等到蒙古人再冲过巨木旗和洪水旗的滚木雷石和毒水喷洒之后，蒙古人冲过来的兵士业已经只有六万多人马了。
最后冲出了那些令人可怕和莫名其妙的阵地和障碍后，蒙古士兵认为终于可以松一口气了，因为虽然前面道路上有些石块和断木，但是已经对于蒙古骑兵形成不了大的障碍了。这帮家伙一声高呼，就要一鼓作气冲出包围圈。然而，他们还是高兴的太早了，穆一牺的十万大军除了少数人在前面防卫外，绝大多数人都埋伏在两面的山坡上，看到蒙古残兵败将冲了过来，穆一牺让众士兵毫不吝惜炮弹和箭支，把手中的能发射的炮弹和箭支全部发了出去，一阵炮轰和乱箭之后，很多蒙古士兵倒在马下。至少有一半逃出来的蒙古士兵又给留在了这里。看到机不可失，穆一牺下令全部出击，南军士兵像猛虎下山一样从满山遍野上冲了下来，那些来不及跑脱的人又有一大批给斩于马下。
剩下不到两万名蒙古骑兵在两名万夫长的带领下冲出了穆一牺的包围和阻击。终于可以喘一口气了，两名万夫长商量了一下，决定事不宜迟，赶快后退，免得后面追兵赶到，至于吃饭喝水只有在马上自己解决了，因为他们根本就不敢提下马休息的问题。不过即使如此，死里逃生的两个万夫长还是忘不了幽默一下。
“我说兄弟，如果他们在这里再埋伏一支奇兵，我们可真要把名都丧在这里了！看来他们还是百密一疏啊！”一位万夫长这样说道。
“我说兄弟，别再说了！今天能逃出去就算烧高香了！再说他们又从哪里搞来那么多的军队？这还不够吗？现在赶快赶路，不要再受到袭击才好！最好能赶到一座咱们自己人控制的城市，休养一下才好！”另外一个家伙这样回答。
然而，又是一声炮响，只见对面冲过来黑压压的一队骑兵，人数足有四五万人，最重要的是，他们显然是以逸待劳的生力军，蒙古人如惊弓之鸟，只能拖着疲惫的身体和马匹，本能地拿起武器向前冲去，也算蒙古士兵够强悍，也可能是因为困兽犹斗，为了逃命，也可能是蒙古军士战斗力本来就比南方骑兵的战斗力要高得多，这一场血战，只进行到天快要黑的时候才最后结束，最后还是靠穆一牺带领追赶的步兵前后夹击才结束的。南方的骑兵部队在付出了近三万人马伤亡的代价之后，才算彻底歼灭了最后逃出来的不到两万名蒙古骑兵，伤亡比例几乎达到了2必1，这还是以逸待劳，以多胜少。看来骑兵训练还要强化，穆青在战后得出了这一结论。
整个川北保卫战历时一个多月，战斗以南方军队全面胜利而结束，蒙古军队入侵四川的20万军队，上至蒙哥汗几乎无一人漏网，这是蒙古帝国覆灭的开始，也是新的汉人的强国诞生的开始。当然南方军队也为此付出了惨重的代价，尽管他们占据天时、地利、人和，尽管他们凭险据守，而且又是以埋伏和伏击为主要手段，真正与蒙古人短兵相接的，除了守卫剑门关的士兵外，就是负责堵口子的穆一牺的部队和骑兵；但是步兵伤亡仍然达到十万人以上，其中守卫剑门关的士兵近四万，穆一牺的步兵也有三万多，剩下的就是其他参加伏击的部队了；骑兵则损失三万人马。
至于打扫战场和治疗伤员，奖励和褒奖有功人士等等事务，穆青均交给穆一牺他们自己安排。只是强调要尽量封锁消息，尽可能减缓消息传到襄阳的速度，以利于襄阳方面对蒙古人实行彻底的包围。当然，穆青也给他们简单地交代了一下今后一段任务。各路大军休整补充半个月后由杨一政率本部大军并扩展五万骑兵前出关中待命，待襄阳战役胜利后向北经京兆、延安府直达黄河并与陕南活动的的三一教势力结合起来，从西面威胁潼关；杨一才大军也另加准备五万骑兵则偏向西北经临洮、西凉、肃州，直达玉门关，收复河西走廊，暂控通向西域关隘；杨一其、杨一尽所部十万大军加紧训练骑兵，准备藏文翻译，为经营吐蕃做好准备。为了让大家做好长期作战的准备，穆青还特意向高级将领和人员交代了军事纪律和作战原则，同时也强调了学习蒙古人的作战方式和经验，一旦战争突破了汉族人民以及与汉族人民友好的少数民族地区，要把后勤保障的后方支援和自给自足，就地取材结合起来，尽量减少后方后勤供应的难度和负担，同时一旦占领某地，一定要将政权建设结合起来，迅速建立稳定的政权，整个政权建设均在川蜀节度使府穆一牺、副节度使穆一牲统一领导下进行，重大问题由内阁总理府和军务总督府决定。
交代完这一切后，穆青根本就来不及休息和逗留，带领少数亲兵护卫，连夜返回襄阳，他要亲自参加襄阳保卫战。当然整个川北保卫战中，穆青基本上就是坐在大帐里动动脑子，完全没有了江湖武侠那样的亲自上战场拼命的经历了，毕竟数十万大军，主要靠的是将领和士兵，与武功高强与否关系不大，再说穆青已经冒够了险，也该休息休息了。