隆庆元年（公元1567年）初，张居正被隆庆皇帝提拔为吏部左侍郎兼东阁大学士，进入内阁，参与协助处理朝廷政事。张居正进入内阁后向皇帝举荐戚继光和谭纶、俞大猷到北方上任，抗击俺答、鞑靼等部落，但是朝廷的一些言官们对南北方情况不同提出反对意见，并且俞大猷此时仍然遭到弹劾，所以朝廷只同意谭纶和戚继光赴北方上任，隆庆皇帝就下旨任命谭纶担任蓟辽总督，戚继光担任神机营副将，并命戚继光来京。
11月间，戚继光就离开了抗倭战场，离开前戚继光向前来送行的好友俞大猷、谭纶、傅应嘉、欧阳模等人，以及和戚家军的一些将士告别后戚继光就带上小妾沈丹青、陈月蓉、杨月娥，以及弟弟戚继美、部下杨文、金科、义子杨龙等人，由于月满要率领30名少林僧兵回嵩山少林寺，所以他们和戚继光等人一起离开福州前往北京。由于谭纶要留下来做好交接工作，所以在12月末谭纶才离开广西境内前往蓟州（今天津市蓟州区）担任蓟辽总督。
从此戚继光和俞大猷两位抗倭名将再也没有见过面，俞大猷接下来一直在广东和广西等省境内剿灭农民起义、少数民族叛乱等战争，并且担任都督同知、福建总兵等官职，万历7年（公元1579年），俞大猷向朝廷上奏请求告老还乡，朝廷同意后俞大猷回到了家乡福建泉州，不久，俞大猷在家中病逝，享年77岁，朝廷追赠俞大猷为左都督，谥“武襄”。
隆庆元年（公元1567年）间，傅应嘉在福建南安的家中英年早逝，年仅44岁。
戚继光的部下、中军主将楼楠因为在平定倭患的战争中有功，被皇帝派往云南境内担任副总兵，后来云南境内发生闹荒，楼楠在救灾中途遭到朝廷一些官员诬陷救灾不力，最后被朝廷所杀。
南澳岛之战后汤克宽担任过都督佥事和广东总兵等职务，和俞大猷一起率领写队在广东等省境内解决农民起义、少数民族叛乱等战争，万历4年(公元1576年)，鞑靼人大举进犯古北口（今北京市密云区古北口镇境内），汤克宽率领军队追击，后来中了鞑靼人的埋伏牺牲在战场上。
刘显在南澳岛之战后升任狼山总兵，后来又担任过都督同知、左军府都督和太子太保等官职，万历9年（公元1581年），刘显去世，享年66岁。刘显的儿子刘綎（公元1558~1619年）曾担任过云南副总兵和左都督府佥书等职务，被后世称为“晚明第一猛将”。
欧阳模在南澳岛之战后担任过宝庆府知府、广西副使等官职，万历35年（公元1607年），欧阳模去世。
11月30日，戚继光一行人路过戚家军大本营新河城时，戚继光等人进城后就来到家中和王文英、姐姐戚芳、小妹戚芳、女儿戚雨昕、族侄戚金等人见面，这个时候戚雨昕已经16岁，戚金也已经11岁了。
戚继光和王文英商量了一下决定，由于陈月蓉怀孕，要回家乡生孩子，所以王文英决定自己和妹妹王朝云，以及陈月蓉、戚芸、戚芳、戚雨昕，由金科率领几名在新河城的戚家军将士护送她们回家乡山东登州。沈丹青、杨月娥、罗玉芝，以及戚金和10名戚家军将士跟随戚继光和杨文、杨龙、戚继美等人，还有月满率领的僧兵前往少林寺和北京，带戚金去北京是因为戚继光觉得该让戚金上战场磨炼，并且戚继光把戚金带到身边也是为了教他武功和兵法。11月31日，戚继光等人到达杭州，在杭州城里戚继光见到了已经在这里居住的好友汪道昆，汪道昆带着戚继光会见了著名文学家王世贞。
王世贞（公元1526～1590年），字元美，号凤洲，又号弇州山人，南直隶苏州府太仓州（今江苏省苏州市太仓市）人，明朝著名的文学家、史学家，曾担任过刑部员外郎、山西按察使、湖广按察使、南京刑部尚书等官职。王世贞和李攀龙、徐中行、梁有誉、宗臣、谢榛、吴国伦一起被后世称为“后七子”。隆庆4年（公元1570年）9月18日，李攀龙去世后，王世贞在当时的文坛独领20年，著作有《弇州山人四部稿》、《弇山堂别集》、《嘉靖以来首辅传》和《觚不觚录》等。
戚继光和汪道昆、王世贞三人一起围坐在王世贞的家中，他们谈友情，以及文学和时局、未来等话题，戚继光还和两位文学家聊了一下到时候在北方任职可能会遇到的一些情况，汪道昆嘱咐戚继光在今后的战场上要“以退为进，待时而动”，王世贞也对戚继光嘱咐几句，戚继光表示一定会做到两位文学家嘱咐的几句话，戚继光和他们告别之后，就和沈丹青、杨文等人继续上路了。
12月底的一天下午，戚继光等人和月满率领的僧兵来到河南嵩山的少林寺，方丈小山宗书带领寺里的所有僧人亲自在大门外迎接戚继光等人。戚继光和杨文等人在寺庙的场地上观看宗擎、普从带领少林武僧操练棍法，戚继光带领杨文等将士拿着几根棍子跟着宗擎、普从等人操练起来。晚上小山宗书陪戚继光在寺庙里的一间客房里聊天，戚继光和小山宗书畅谈友情，共同在抗倭的战场发生的故事，小山宗书还和戚继光谈起了李成梁，因为李成梁现在是辽东副总兵，戚继光以后在北方战场抗击俺答和鞑靼等游牧民族时可能要和李成梁合作，于是小山宗书就对戚继光聊起了李成梁的为人，而且李成梁在年轻时曾到少林寺，拜小山宗书为师，学习过几年少林棍法。第二天早上，戚继光、杨文等人和小山宗书等僧人告别后，就继续前往北京，戚继光和小山宗书这一别竟成永别，不久，小山宗书在少林寺中突然身患重病，最后在方丈室中圆寂，享年68岁。