随着官员文士的增加，原先的六部制度以及无法安排，而且随着土地人口的增加，琐事越来越多，钟繇、董昭等人上书请求恢复三公九卿制度，但是刘协心里有自己的打算，三公九卿已经明显落后了，不利于中央权利的实施，反而使先前一直实行的六部制度更合时宜，所以刘协决定改制。
这些年，刘协也一直在琢磨这件事情，已经有了初步的框架，改三公九卿制度为三公两府六部制度，以太尉、司徒、司空为三公，三公皆是虚衔，为象征性的荣誉职位，并无实际的权力与工作，作为有大功于朝者加赏之荣衔。两府为尚书台、军机处；六部分别是工、刑、礼、户、兵、吏六部，吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法，户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名之事。工部掌土木*ㄖ疲魑锢弥剑呤杞抵a昵薰┮谥洹1空颇谕馕渲肮僭钡某凇7庖裰洌嗽亍15蚀疲绾恕12蛄分剑考14抵br>
尚书台置左右尚书令各一人，左右仆射各一人，左右丞各一人，襄助天子处理政务；军机处置侍中，人数不定，襄助天子处理军务；设监察署衙监察百官——御史台，设有大夫一人；中丞二人，用以掌纠举百寮及入閤承诏，知推、弹、杂事。
至于人事安排，刘协也很快就安排好了，贾诩为左尚书令，钟繇为右尚书令，辛毗为左尚书仆射，黄权为右尚书仆射，董昭为御史大夫，王修为左御史中丞，彭羕为右御史中丞，刘巴为吏部尚书，杜畿为刑部尚书，刘基为工部尚书，崔琰为兵部尚书，许靖为礼部尚书，杨修为户部尚书，司马芝为廷尉，法正、荀堪、郑度、张既、贾逵五人为军机处侍中，张范、崔林为黄门侍郎，陪伴圣驾做秘书职务。
除了政治体制的变革，军队方面刘协也是调整，眼下大汉局势越发明朗，各路诸侯已经可以说是自立为王了，就在刘协征伐益州的时候，江东孙权就自称车骑将军、吴候，荆州刘表也在此时因为得*恢莶晕唷15袅侄ぃ钠哺吡耍猿瞥酰土涎舻牧醣敢彩浅乒碌拦蚜耍猿仆鸷睿啥墓锟底猿屏赏酰皇奔浯蠛罕榈赝鹾睿t灰桓鑫袷挡晃袷档牟懿僖彩浅乒碌拦蚜耍颖本质埔步ソコ景b涠a氛剿懒耍懿僭诎嗽乱乃构嘹牵鞘兀耸弊ぞ蘼沟脑形叛源缶示送闹萃犊孔约旱亩衷酰懿僬季菁街荽蟀耄嬷鄙希群蠊タ司蘼埂10蛹涞鹊兀缶嗬敕堆粢丫蛔惆倮铩br>
刘协为了除去大汉这些年来的将军名号的沉冗弊端，决定重新定力军衔品阶，以大将军为正一品，骠骑、车骑、镇军三大将军为正二品，前后左右四将军为从二品，四征将军为正三品，四镇将军为从三品，四安将军为正四品，四平将军为从四品，奋武、奋威、扬武、扬威、辅国、讨逆、伏波七将军为正五品，其余杂号将军为从五品，偏将军、牙门将军为正六品，裨将军、中郎将为从六品，校尉为正五品；都尉、军司马等为从五品。
马腾为车骑大将军，韩遂为镇军大将军，徐晃为骠骑大将军，赵云为前将军，张燕为后将军，庞德为左将军，严颜为右将军，阎行为征西将军，李严为奋威将军，伏完为辅国将军，马岱为讨逆将军，卓膺为扬武将军。
而随同改制进行的还有就是赋税的更改，大汉见过以来，苛捐杂税甚为繁琐，虽赋税不重，却也易于被不法官吏钻了空子，所以刘协决定，更改赋税的征收方式，免除口赋、口钱、更赋、户税等杂税，只征收粮税与每人二十钱的人头税，粮税以文皇帝在位时的标准为准，三十税一。推行均田令：一，男子年16岁以上受官田40亩，妇人20亩，官田不准买，六十岁以上免除赋税，身死还田；二，官吏给公田，刺史15顷，太守10顷，县令6顷。离职时移交下任，不得转；三，百姓原有土地为**田，**田是世业，按制度每人可拥有50亩，多余的部分可以出，不足部分可以买进，但买都不能超过应得份额。。
建安九年二月，天子迁都洛阳，洛阳经过六七年的建设，已经重新恢复，考虑到下一步乃是逐鹿中原，所以迁都洛阳也是必然的，虽说长安距离洛阳只有七八百里的路程，但是刘协也是走了半月才到，主要是一路迁徙百姓，所以花费了不少时日，为了充实洛阳，迁徙了二十万百姓前往洛阳，加上之前洛阳收纳的流民，至此已经有近三十万人口，稍微恢复了一点昔日的气息，当初董卓尚未入京之时，那是的洛阳可是有户口近二十万，七八十万的人口，现在也不过当初的三分之一罢了。
建安九年五月，曹操再次北伐袁氏，袁熙部将焦触和张南发动叛变，下令幽州的所有官员歃血为盟背袁投曹，并指挥军队攻击袁熙和袁尚，袁氏兄弟措手不及，败退到了柳城，为了挽回局势，袁熙与袁尚引乌丸首领蹋顿、辽西乌丸单于楼班、右北平单于能臣等为外援。袁氏部将田畴率军投靠曹操，成为曹操的向导帮助曹军偷袭柳城，袁曹两军在白狼山再次大战。曹操大将张辽在乱军之中斩杀了蹋顿，袁熙、袁尚再度败走，两人又逃到辽东。袁氏兄弟在辽东三月，见曹操率军回撤，袁尚想要攻击公孙康并占领公孙康的领地，皆是谋事不机密被发现，公孙康斩杀袁熙、袁尚，并将两人的首级献给曹操。至此，雄霸河北一时的袁氏势力最终覆灭，曹操占据青、徐、冀、幽、兖、豫六州之地以及淮南一部，势力大增，拥兵三十万，九月，曹操在邺城自称魏王。
曹操称王，惹恼了一人，乃是曹操的心腹谋士荀彧，荀彧苦谏曹操切莫行此叛逆之举，让曹操气愤交加，一怒之下将荀彧罢黜官职，荀彧也是因此一病不起，借此回颍川老家养病去了。