小智一行人听说大傻谷出现化石，便前去凑热闹，别人是来挖化石，而小智的目标是化石翼龙和波克比的蛋，至于化石盔和菊石兽（很多人都不明为什么小智的精灵都是初始状态，而不是最终进化行，因为最终进化行能训练的地方少，而从初始状态培养是一种过程也是一种成长），相信大木博士是很有兴趣的。

　　“没想到这里可以挖出化石，就吸引了那么多人来”看到好多人拿着镐头等挖掘东西一起向前走去，小霞感到非常震惊。

　　“他们都是来碰运气的，不如我们也来碰碰运气吧”小智做出挖石头的动作。

　　“就你这样还想挖化石，一点准备工作都没做就来了”这时后面传来了小茂的声音，“现在懒得和你吵架，再这样下去重要的化石会被挖走的，现在没时间陪你吵架”说完就跑了。

　　“真是个讨厌的家伙，等我抓到化石神奇宝贝后让你的眼珠子掉下来”小智心里安慰道，想想那时候的情景，小智一个人在那里傻笑，等他反应过来的时候，小刚他们全都转过头去，一副我不认识这个家伙的表情。

　　“我们也去看看吧”小智道。

　　“没想到来了这么多的人。我们根本没有地方挖啊”小刚拿着铲子看着这里说道，看来他也很有兴趣。不过看到下面山谷中到处都是人，还真不知道在哪里挖好。他们都忙着用镐头挖化石，而后就听到小茂挖到的是神奇宝贝大便化石，弄得小智都差点笑了出来。

　　不过走着走着就看到火箭队三人在装炸弹。小霞二话不说就跑了过去，“你们在干什么”

　　“（火箭队台词）”这时武藏和小次郎被出现的小霞吓了一跳，马上跳到一块岩石上，就开始说开场台词。

　　“别讲那些废话，一点用都没有，还不快引爆炸弹”喵喵觉得现在不是说开场白的时候，于是打断了武藏和小次郎。

　　“已经装好了，只要炸掉这一带的话，隐藏的神奇宝贝化石就可以得到了”小次郎无所谓的说。

　　“我不会让你们得逞的，小智我们一起阻止他们”小霞听了火箭队的话后感到气愤，下面可是有一大群人啊。

　　“这样做的话，下面的人就有危险了”瑟蕾娜也非常的担心。

　　“太晚了，我知道我们打不过你们，所以我将炸弹做成遥控的。你们全部去死吧喵~”喵喵按了一下手中的遥控器。

　　“不好”小智觉得不对头，他们不是用火点的吗，怎么一下子变遥控了，不过想了一下觉得哪里不对“你们怎么不逃？”

　　这话让大笑的喵喵突然僵住了，“遭了我们还在这里，我就按下去了，不好要爆炸啦，喵~”

　　“你说什麽…”武藏和小次郎像机器一样，转过头来看着喵喵。

　　“轰~~~”大傻谷里发生一阵巨响，炸弹在火箭队的眼前爆炸了，火箭队被炸飞了，地面裂开了一个大缝子，小智他们全掉了下去。

　　“怎么会这样，明明是很完美的计划”“都是喵喵，我们还没离开就引爆炸药”“对不起啦喵~”火箭队他们又飞走了。

　　“好讨厌的感觉啊”×3

　　“巴大蝴，比比鸟出来吧，巴大蝴使用念力，比比鸟使用龙卷风”小智派出巴大蝴用念力接住小霞和瑟蕾娜，自己和小刚抓住比比鸟的脚，比比鸟用龙卷风避免石头砸到我们

　　“这里是哪里啊”小霞看着黑漆漆的四周问道。

　　“这里应该是大傻谷的地下洞窟，刚才的爆炸在上面开了一个大洞，我们是从上面掉下来的”小刚拍了拍身上的灰尘说到。

　　“看来是这样的，出来吧火恐龙”小智这时派出了火恐龙，借火恐龙尾巴的火焰使四周明亮了起来。

　　“那…那些是什么啊”瑟蕾娜看到黑暗中出现了好多红色光芒，在阴森森的洞窟里显得格外的吓人，她害怕的躲在小智背后。

　　“大嘴蝠出来吧，使用闪光”小智让大嘴蝠出来并使用闪光，大嘴蝠使用闪光后，洞窟一下子明亮了起来，“原来是菊石兽、多次菊石兽、化石盔和镰刀盔，据说是几万年前就绝种的神奇宝贝，化石盔和镰刀盔是岩石＋水，菊石兽和多刺菊石兽是岩石＋水，小刚你可以捉一只化石盔或者镰刀盔，小霞你可以都捉一只，瑟蕾娜也可以捉一只培养看看”小智看清后说道，不过在他看来这不是很好的事情。

　　“它们好像不太友好，它们的眼中都充满了血丝，难道是因为我们把他们吵醒的”小霞这时发现问题后说道，而且有点怕怕的感觉，毕竟远古的化石神奇宝贝的凶性还是存在的。

　　“不错，但是我有办法让他们继续睡，在这之前我要做好防御准备，因为我要的那只待会有可能要过来，出来吧全体成员，准备战斗”小智放出了妙蛙种子和杰尼龟

　　.“为什么每次出来都是不好的情景”杰尼龟吐槽道，他们一起出来不是训练就是打架。

　　“我们也来帮忙吧，出来吧大岩蛇”“海星星”“焰耳狐”小霞他们决定为小智分担。

　　“不用你们帮忙，那只我一个人就可以了，这些的话待会继续让他们睡觉，到时候你们直接收服，并帮我收服一只菊石兽和化石盔，我把那只引出去，你们收服后出去把洞口封闭起来”小智决定单独对付那只霸主。

　　“吼~~”一声巨大的吼声传来，一个黑影飞了过来，落来一颗石头上，所有的化石神奇宝贝看到它后都开始颤抖，然后全部退去。

　　“是化石翼龙，也是绝种的神奇宝贝，我的主要目标就是他，比比鸟上将化石翼龙引出去，其他的跟上，巴大蝴你留在这里使用睡眠粉让他们睡着后再出来”看到化石翼龙，这家伙不愧是几万前的霸主，还是那么有威慑力。由于化石翼龙一下子没有反应过来，被比比鸟的翅膀攻击几中，中了一击后，化石翼龙很恼火，开始和比比鸟决斗，比比鸟顺利的把化石翼龙引了出去

　　“比比鸟使用影子分身，空气利刃，破空斩轮流攻击，皮卡丘，妙蛙种子，杰尼龟，火恐龙使用远程攻击协助”化石翼龙使用岩石利刃对付地面攻击的，都被比比鸟的空气利刃抵消，使得化石翼龙很愤怒使用破坏死光攻击比比鸟。

　　“好机会，大家使用最强一招攻击化石翼龙翅膀”乘着对方要僵硬一会儿，小智命令大家用绝招攻击化石翼龙的翅膀，化石翼龙翅膀受伤一个不稳掉了下来。

　　“乘胜追击，皮卡丘使用伏特攻击解决他”皮卡丘用电光一闪加速跑向掉下来的化石翼龙，一跃抓住了化石翼龙，使出了伏特攻击。

　　“呜~”由于化石翼龙才苏醒身体灵活不够，被电的失去了战斗能力，小智马上将化石翼龙收服传了回去。

　　小智叫小刚帮忙给比比鸟看看，安排其它神奇宝贝注意警戒，自己一个人带着皮卡丘再次进去地底（辛好还没封印）。在最深处看到了一个石像，它一个爪子抓住一个蛋，另一个抓住一个石头。小智和皮卡丘分别取下两样东西就离开了。

　　“这不是喷火龙的mega进化石吗？不过它为什么会出现在这里，这是偶然还是人为”带着一阵疑问，小智转身回去了。

　　他们离开后，大傻谷就被围了起来，禁止他人进去。在走到没有人的地方“小霞给你”小智把波克比的蛋给了小霞。

　　“小智，这是”小霞对此不解。

　　“这是在大傻谷里捡到的，是波克比的蛋”小智把蛋递给小霞后继续说。

　　“波克比？为什么给我，而不是给瑟蕾娜”小霞好奇的问，而且她从来都没有听说过波克比呢。

　　“因为它不适合瑟蕾娜，下次我在找个适合的给她”小智觉得还是按原著那样给小霞，所以撒了个小谎。

　　小霞也着急波克比到底是怎样的神奇宝贝，路上不断向小刚请教孵化的技巧和方式。

　　而在大木研究所则是一阵手忙脚乱，辛亏有小智的五员老将在，否则研究所都会被拆了，因为小智不仅把化石翼龙传送过来，还把大家抓到的菊石兽和化石盔一起传送过来，让大木博士帮助他们尽快恢复身体健康。