离开大傻谷后，三人继续旅行，在路上的一个神奇宝贝中心小智给大木博士打了一个电话。

　　“小智，那些化石盔，菊石兽和化石翼龙是你们在大傻谷里抓来的，那里面还有没有了”大木博士一接电话就开始询问小智。

　　“没错，是我们抓的，它们还好吧，而且大傻谷里剩余的都让他们沉睡了，我抓了联盟应该没意见吧”小智猜大木博士已经知道大傻谷出现了化石神奇宝贝。

　　“没问题，我说你是我安排的人，我会好好照顾它们，它们全都刚刚醒来，要经过一段时间的调养才能恢复过来，既然大傻谷剩余的都沉睡了，我们就不应该打扰，我会和联盟反应的”大木博士知道小智很关心神奇宝贝，这话让小智安下心来“小智，它们借我研究没问题吧”

　　“没问题，你只要帮我照顾好它们就行了”虽然大木博士研究神奇宝贝很尽心，但有时会不顾自己的危险，如果发现稀有的神奇宝贝，那他就会死缠烂打的黏着对方。好在大木博士有很强的神奇宝贝和我的五员老将，不会有太大的危险。

　　在神奇宝贝中心，波克比也在小霞的期待中诞生了。

　　“啊，好可爱，波克比你好啊”

　　“叫尅布哩~”波克比高兴的叫道，就这样小霞收服了波克比。

　　而这天，小智一行人继续向着红莲道馆前进，在路上碰到了一位大叔要求进行神奇宝贝的对决，小智当然是来者不拒。

　　“上吧，铁甲犀牛”大叔派出的神奇宝贝是铁甲犀牛。

　　“咦～是铁甲犀牛”瑟蕾娜惊呼到，在她那铁甲犀牛大都用来骑，而不是用来战斗。

　　“妙蛙种子就决定是你了”小智看到大叔就知道到那个不可思议花园了，所以派出妙蛙种子。

　　“铁甲犀牛，使用猛撞攻击”大叔率先下令，然后铁甲犀牛就向着这边冲了过来。

　　“妙蛙种子寄生种子，然后睡眠粉”看着铁甲犀牛向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令，像这种横冲直撞的都是很好的活靶子。虽然妙蛙种子被撞飞，但寄生种子和睡眠粉成功命中铁甲犀牛，铁甲犀牛不断被吸收体力而且摇摇欲睡，寄生种子吸收体力补回妙蛙种子，妙蛙种子可以很快的恢复伤势。

　　“铁甲犀牛振作啊”大叔没想到会是这种情况。

　　“妙蛙种子最后一击，飞叶快刀”妙蛙种子飞出许多叶子，铁甲犀牛因为被睡眠不能动，草系对地面系和岩石系效果拔群，而且还是加强版的飞叶快刀，铁甲犀牛直接失去了战斗能力。

　　“妙蛙种子干的好”小智跑过去摸了摸妙蛙种子说。

　　“哒奈~”可是就在这时，妙蛙种子痛苦的叫道

　　“妙蛙种子你没事吧，难道是…我马上送你去神奇宝贝中心”小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，小智知道它正在抗拒进化，所以就抱着妙蛙种子向神奇宝贝中心冲去。

　　“大伙，我们快去神奇宝贝中心”小霞也看到妙蛙种子一脸痛苦，也没说什麽，跟小智一起跑向神奇宝贝中心。

　　终于在傍晚，小智等人赶到了神奇宝贝中心，并且把它交给了乔伊小姐。

　　“你的妙蛙种子没事，只是出现进化的征兆罢了，不过看起来它好像在抗拒进化”在认真检查下，乔伊对在外等待着的小智说。

　　“它没事就好，进不进化我会跟他说明的”妙蛙种子认为进不进化都可以变强，只不过进化是变强的一个捷径。

　　“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看”乔伊把小智等人带到窗户边，指着窗外说。

　　然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。

　　“看来我们是迎接了重要的时刻了”小刚听到后发出感慨。

　　“看来很有趣，进化是在哪里”小刚这时突然问道，不过也提起了大家的好奇之心，毕竟这是一大奇迹啊。

　　“在称为不可思议花园的地方哦”乔伊笑着解释说。

　　“不可思议花园”大家都没听过这个地方。

　　“到目前为止从来都没有人见过那个地方，所以被认为是幻影呢”乔伊继续解释说。

　　“想要知道不可思议花园在哪里，跟着妙蛙种子就行了”这时小智的回答道。

　　吃过晚饭后，大家都没有休息，都在暗中观察妙蛙种子，想跟着妙蛙种子去不可思议花园，过了很长时间，小智看到了妙蛙种子出门然后朝着花粉流动的方向去了。

　　“小霞，小刚我们安静的跟着妙蛙种子走”小智立刻去喊醒小霞他们。

　　“嗯，我们出发吧”小刚同意到。

　　“这是什么”大家跟着跑了一段时间后，就看到四周出现了许多的藤蔓。

　　“你们看，藤蔓把前面的路堵塞起来了”小霞看着前方说道，毕竟前面就是不思议花园了。

　　“这里有个小洞，刚好够妙蛙种子进去，皮卡丘，你和杰尼龟先去看着妙蛙种子，我们等一下就来”小智担心妙蛙种子的安全，毕竟火箭队也会过来捣乱，所以先放杰尼龟和皮卡丘进去，他们慢慢在藤蔓完全堵塞前跳过去，不过小霞和瑟蕾娜运动能力没那么好，要看着点。

　　“我们走吧”皮卡丘带着杰尼龟进去了。

　　“好漂亮啊~”皮卡丘和杰尼龟看到下面平坦的草地上有好多妙蛙种子，然后妙蛙种子开始唱歌，那个干枯的树开始成长，并且开出了大片的红花，而且地上也开了好多的小花。

　　这时，它们后面出现了一只妙蛙花，杰尼龟被吓了一跳，马上进入战斗状态。

　　“杰尼龟你不是他的对手”皮卡丘制止了杰尼龟的行为，因为它感觉这只妙蛙花很强，虽说皮卡丘能打赢，但是他不想伤害这里。

　　“不好意思，我们是好奇才过来的，请原谅我们失礼的行为”皮卡丘带着杰尼龟向妙蛙花道歉。

　　“没关系，跟我过来，我有话对你们说”妙蛙花没有怪罪它们，慢慢往树洞中走去。

　　皮卡丘和杰尼龟跟了过去，它们在里面看到了小智的妙蛙种子。

　　“你们为什么不进化，你们都有很好的资质，进化后能变得更强”妙蛙花开口了。

　　“我觉得我很喜欢这种形态，小智不强求我进化，而且变强不一定要进化，就算不进化，你不一定能打赢我”皮卡丘答道：

　　“不进化确实也能变强，但是进化能更快的得到力量，当年我也是这样认为，但直到失去最重要东西的时候，我才明白，有些事情是不会等你慢慢变强的，他们和你不同，你潜力无限，他们现在潜力到了顶点了，不进化就不能在增强实力了”

　　“即便你这样说，我也不会改变自己的想法，如果小智需要我进化，我会毫不犹豫进化，不需要的话我就不进化”妙蛙种子坚信自己的想法。

　　“这是你的事，我只是建议你们，我要出去了，庆典要开始了”妙蛙花慢慢走出了树洞。

　　等小智他们到达的时候，庆典刚好开始了，在妙蛙花的叫喊和妙蛙种子的回应下，妙蛙种子开始吸收飘着的花粉，一个个都进化成了妙蛙草。

　　“我的妙蛙种子呢”小智在一堆妙蛙草里寻找着妙蛙种子，可是找遍后都没有一只妙蛙种子，全都进化成了妙蛙草，小智非常的纳闷，心里想：难道它也进化了？小智向丈二的和尚，摸不着头脑。

　　就在这时，一个喵喵形状的热气球出现了，“（火箭队经典台词）哈哈哈，妙蛙草和妙蛙花，我们就收服了”武藏一边说一边从热气球下伸出一个大管子，而后小次郎按了一个按钮后，管子就开始吸气，好多妙蛙草都被吸起来了。

　　“不好，快救妙蛙草”小智看到妙蛙草好多都被吸了起来，小智马上放出比比鸟“比比鸟破坏气球”

　　“我早就有准备，十万伏特网”一张带电的网罩住了比比鸟。

　　“我们也来帮忙”当小刚他们也想出手帮忙的时候，妙蛙花出手了。

　　妙蛙花一声大叫，地上出现许多藤蔓，直接将热气球包了起来，然后用飞叶快刀，将袋子割破，被抓的妙蛙草全部掉了下来，掉下来的妙蛙草被藤蔓接住，最后使出阳光烈焰，将火箭队炸飞。

　　“好讨厌的感觉啊~”火箭队变成流星飞走了。

　　“小智，这只妙蛙花好强啊”小刚说到，刚刚他看到妙蛙花的攻击都是一气呵成。

　　“这些都不重要，我的妙蛙种子，杰尼龟和皮卡丘呢”小智现在才不管妙蛙花多厉害，他现在还没找到妙蛙种子它们三个。

　　“我们在这里”皮卡丘它们从妙蛙花背后走了出来，小智的波导告诉他这只妙蛙种子就是自己的那只，看来它没选择进化，这样小智就得费一番口舌了，他知道妙蛙种子潜力到顶点，不进化就没法发展了。

　　原本以为事情结束了，不过妙蛙花却给了小智一样意外的东西。

　　“这不是妙蛙花的mega石吗？为什么你要给我这个”小智对妙蛙花给他这东西感到很惊讶。

　　“听说你听的懂我说的话”

　　“没错”这一定是皮卡丘告诉它的。

　　“这是我以前无意中得到的，它能让我们妙蛙一族变得更强，现在它放在我这里已经没用了，与其让它发霉，不如送给你，或许你的妙蛙种子有一天能用到它”妙蛙花解释到。

　　“那我不客气了”这么好的东西，小智怎么能拒绝，或许自己哪天真的能用上。

　　事情圆满的解决了，小智等人也在回神奇宝贝中心收拾东西后继续向红莲道馆前进。

　　夜晚，小智放出了妙蛙种子和杰尼龟，和他们谈了很多，最后妙蛙种子和杰尼龟都愿意继续努力而选择进化，这样第二天旅行的时候小智的精灵就变成了皮卡丘，比比鸟，火恐龙，妙蛙草，卡咪龟和暴鲤龙